在社會運動對於身份政治進行反思的同時，美國的學術界也在經歷一系列變化。1980年代初開始，“性”的問題開始進入到女權主義運動和學術的視野內，圍繞一系列另類的性實踐——如雙性戀、butch/fem之分（butch指女同性戀中較陽剛者，而fem則指較陰柔者）、性虐戀亞文化等——不同女權主義者展開了爭論，一些人認為這些文化是對於父權制的屈服和對於女性中心價值觀的叛離，另外一些人則強調性的多元和複雜，認為女權主義理論不能僅僅關注性別，也需要關注性的問題，發展關於性的理論。後者的代表人物之一是美國學者蓋爾·魯賓（Gayle Rubin）。她於1984年發表的文章《關於性的思考：性政治學激進理論的筆記（Thinking Sex: Notes for a Radical Theory of Sexual Politics）》一文對於將性偏好和性行為進行好壞區分和排序的“性階序（sexual hierarchy）”進行了詳盡的批判，並且號召將性政治作為重要的學術議題和女權議題來對待。與此同時，後現代主義、後結構主義等理論思潮在美國學術界與日興起，其中，法國思想家米歇爾·福柯（Michel Foucault）對於酷兒理論的發展有著重要的作用。他在《性經驗史》中對於“性”的知識進行了歷史的梳理和反思，指出“同性戀”並非是一種本質的屬性、天生的傾向，而是一種話語的建構、現代的發明。福柯的研究啟發了當時的研究者在關注和理解性政治的同時，避免了對於性和性身份的本質主義的立場。
思想家和學者：米歇爾·福柯
在這些背景下，1990年代初期，“酷兒理論”開始出現，和此前的同性戀和女權運動基於一個明確而固定的身份（如：同性戀、女性）爭取社會接納不同，酷兒理論並非從一個明確的、本質的身份出發尋求來自主流社會的認可，而是試圖對於圍繞性與性別建立起來的各類社會規範（norm）進行批判和反思。正如“酷兒”這個詞原本的“不正常”語義所表達的，酷兒不是要將自己變成符合規範的“正常人”，而是從“不正常”的視角提出更為激進的批評和顛覆，美國學者麥可·沃納（Michael Warner）將之總結為“對於各類名為‘正常’的社會體制的更徹底的抵抗（a more thorough resistance to regimes of the normal）”。酷兒理論的早期代表人物包美國學者括依芙·科索夫斯基·賽吉維克（Eve Kosofsky Sedgwick）和美國學者朱迪斯·巴特勒（Judith Butler）等人。賽吉維克在1990年出版的《暗櫃認識論（Epistemology of the Closet）》中對“同性戀”以及“異性戀”的含義在20世紀的變化進行歷史性的梳理，指出兩者並非是一對穩定的二元對立，相反，兩者的意義和兩者之間的對立都是不穩定的，“性”的知識是和多種差異相互交叉的。巴特勒在1990年代出版的《性別麻煩（Gender Trouble）》一書中指出“女性”並非如部分女權主義者所默認的一樣，是一個天生的和本質的屬性，而是在日常生活中不斷重複的身體實踐中被展演出來的；相對應的，“性別”並非是本質的，而是在通過日常生活中的實踐才得以被持續的維持下去。此外，其他的酷兒學者還對於同性戀正統主義、健全主義、種族歧視、殖民主義、帝國主義、新自由主義等進行批判，為酷兒理論加入種族、階級、身體、國族、環境等視角。
朱迪斯·巴特勒：《性別麻煩》
在酷兒理論發展的同時，“酷兒”也進入社會運動之中。如在1990年，來自“愛滋病解放權利聯盟（AIDS Coalition of Unleash Power，簡稱ACT UP）”的部分成員成立了新的組織“酷兒國（Queer Nation）”，組織街頭動員和遊行示威，提出了著名的口號“我們在這裡！我們是酷兒！習慣這件事吧！（We’re here! We’re queer! Get used to it!）”，酷兒國還號召反思同性戀運動中的精英主義和向主流屈服的同化主義，要對異性戀主導的社會進行更加激進的改變。學者史蒂文·賽德曼認為，酷兒國並非基於某一種單一的身份（如同性戀）爭取法律權利或社會認可，而是對於規訓和規範化的力量進行反抗，拒絕用任何一種單一的標籤或概念來定義和局限自己，擁抱差異和不確定性中潛在的力量。
當醫生們在推動醫療領域的變革的同時，跨性別運動還在其他領域展開——“跨性別”不僅僅包括變性者（transsexual）這樣想要通過醫療技術特別是手術來改變自己身體的人，也包括其他在性別表達上不合常規的人，比如跨裝者（transvestite）主要穿著和自己出生時被指派性別相反的服裝，但一般不會接受手術；再如變裝國王（drag king）和變裝皇后（drag queen）——在當時的美國，一般指在街頭或同性戀酒吧中從事變裝表演的人，往往穿著高調，表演誇張，還有自己的社群和“家族”。美國歷史學家蘇珊·斯特萊克（Susan Stryker）提醒我們，此時跨性別和同性戀兩個社群往往相互交織，跨性別和同性戀運動也難分難解。斯特萊克追溯了這一時期跨性別運動的重要的參與人物：在1950年代和60年代，美國跨性別者維吉尼亞·普林斯（Virginia Prince）開始使用“跨裝者”這一身份認同來建立社群組織“個性表達基金會（Foundation for Personality Expression）”，並且推出期刊《跨裝（Transvestia）》，這是最早的跨性別組織和期刊之一，不過普林斯的行動更多局限在白人中產階級跨性別者之間。很多的有色人種跨性別者（如黑人和拉丁裔跨性別者）往往處於社會底層，聚集在大城市中較為貧窮的街區，因為所處的階級、性別、和種族的緣故，常常受到警察的騷擾以及逮捕。其中一部分有色跨性別者開始奮起反抗警察暴力，這一系列暴動中最有名的當屬1969年在紐約的格林威治村的石牆酒吧發生的“石牆暴動”，雖然往往被認為是美國同性戀運動的里程碑式的事件，但實際上跨性別——包括變裝皇后、有色人種跨性別女性等——在其中發揮了重要的作用，在這一事件中，底層的性與性別少數群體參與到反抗警察的騷擾和暴力中。
美國同性戀運動組織Gay Liberation Front
石牆暴動之後，很多參與者還成立了組織，繼續服務少數群體，為性別少數群體創造更好的生存環境，其中比較有影響力的包括：美國的拉丁裔跨性別者西爾維亞·里維拉（Sylvia Rivera）和非裔跨性別者瑪莎·P.·詹森（Marsha P. Johnson）成立的組織“街頭變裝行動革命者（Street Transvestite Action Revolutionaries）”，兩人都是有色人種，而這一組織旨在幫助無家可歸的底層跨性別青年，為這些人提供住所等基本生活；美國的變裝皇后李·布魯斯特（Lee Brewester）和異性戀跨裝者巴尼·艾森豪（Bunny Eisenhower）成立的組織“變裝皇后解放陣線（Queen’s Liberation Front）”，這一組織旨在提高變裝皇后和跨性別的可見度，並且推出了期刊雜誌《變裝皇后（Drag Queen，後改名為Drag）》；美國人安吉拉·K. ·道格拉斯（Angela K. Douglas）成立的“跨性別行動者組織（Transsexual Activist Organization）”，這一組織推出了“月影（Moonshadow）”和“幻景（Mirage）”兩個電子通訊，並且在其他國家成立了分部，成為了一個國際性的組織，推動了英國等地的跨性別運動。上面提到的跨性別運動家主要是跨性別女性，不過跨性別男性也發揮了重要的作用，其中的代表人物是美國富翁里德·埃里克森（Reed Erickson），雖然他較少出現在公眾視野中，但是他利用自己龐大的個人和家族財產資助了哈利·班傑明的醫學研究、以及跨性別者小組和機構，在跨性別運動以及女跨男社群的興起中扮演了很重要的幕后角色。
瑪莎·P.·詹森（Marsha P. Johnson）
經歷過80年代的低潮之後，90年代跨性別運動再次開始興起，在1980年代末期及1990年代初期，“跨性別（transgender）”一詞開始流行起來，成為組織運動和學術的重要中心概念。跨性別一詞一般被認為是維吉尼亞·普林斯開始使用的，這個辭彙剛開始時用來表達介於用變裝來表達自我的跨裝者和藉助醫療手段改變身體來表達自我性別認同的變性者之間的狀態：一位跨性別者可能會認同於和自己出生時被指派性別（即出生時被父母、醫生和社會的約定俗成認定的性別）不同的性別，但是不會藉助手術等醫療手段改變身體，特別是生殖器官。但是之後，這個詞的含義被重塑和擴大，特別是藉由費雷思發表於1992年的文章《跨性別解放運動：這一時刻已經來臨（Transgender Liberation: A Movement Whose Time Has Come）》，在這篇文章中，費雷思號召所有身體和性別認同不同於主流常規的人行動起來，爭取平等的權益和更為友善的環境，這些人包括但不限於變性者、變裝皇后、雌雄同體者（hermaphrodites）、異裝者、男性化的女人、女性化的男人等。對於費雷思來說，“跨性別”不是一個狹義上的身份認同，而是廣義上涵蓋了所有不符合性別規範的人群，用以號召不同的邊緣和少數群體團結起來，挑戰性別規範。
費雷思（Leslie Feinberg）的小說《藍調石牆T》
和費雷思同一時期的很多其他跨性別運動家也開始將跨性別運動的重點從單一的身份認同的實現，轉向對於二元性別觀念的反思。比如美國學者和行動家珊迪·斯通（Sandy Stone）發表於1991年的文章《帝國的反擊：一份後變性宣言（The Empire Strikes Back: A Posttranssexual Manifesto）》，此文被認為是跨性別理論的奠基性文本。文中批評了美國女權主義學者珍妮絲·雷蒙德（Janice Raymond）於1978年出版的著作《變性帝國：製造女雄（The Transsexual Empire: The Making of She-Male）》，雷蒙德堅決否認男跨女跨性別是“女性”，認為“他們”只是人造的“女人”，而性別重置手術是父權制發明出來的陰謀詭計，用人造女人來取代“真正的女性”，以實現對女性空間的侵蝕，男跨女的跨性別則是這一行為的幫凶。值得注意的是，歷史學家芬恩·恩客（Finn Enke）等學者指出，雷蒙德等女權主義者對於跨性別的批評言論不應該被視作是跨性別和女權主義兩個陣營之間的對立，事實上，當時有很多跨性別女性活躍在女權主義運動中，也有很多女權主義者接納和歡迎跨性別女性的加入，我們不能因為這一批評的存在，而認為跨性別社群和女權主義運動之間天然就是分離和對抗的。斯通在《帝國的反擊》一文中，批評了雷蒙德對於“真正的女性”的狹隘理解和對於技術的恐懼。但同時，斯通也批評了醫療模式的限制，特別是性別重置手術在試圖打造“自然的”或“真正的”男性或女性身體的同時，是對於僵化的性別觀念的重複，雖然一部分“體貌過關”的跨性別得到了主流的二元性別社會的認可，但是其他的跨性別則再次被標籤為“錯誤”的身體。作者提出，跨性別實踐應該從“變性（transsexual）”進入“後變性（posttranssexual）”模式，即挑戰醫療模式背後的男女二元對立的性別觀念，製造更多的不和諧以及混雜的性別表達方式。除費雷思和斯通之外，美國的跨性別運動家凱特·伯恩斯坦（Kate Bornstein）也在《性別是條毛毛蟲（Gender Outlaw）》中明確提出，跨性別運動應該要批評和反對的是二元性別觀念所依賴的性別制度。
凱特·伯恩斯坦（Kate Bornstein）的《性別是條
“反對二元性別觀念”之所以成為當時跨性別運動的主題，除了跨性別們自身游離於性別常規之外的經驗，酷兒理論也對這一思潮的興起做出了貢獻。比如，蘇珊·斯特萊克明確提出《性別麻煩》的發表和巴特勒的性別操演理論極大地啟發了她對於性別的理解；珊迪·斯通也引用過巴特勒的理論，並且提及自己的博士論文導師，美國學者、後現代主義女權主義者唐娜·哈拉維（Donna Haraway）對於自己的影響。雖然這些理論家更多地選擇“跨性別”而非“性別酷兒”這個辭彙來定義她們理想中的跨性別運動，但是這些論述說明了跨性別理論和酷兒理論的交叉關係，以及跨性別理論對於性別的酷兒化努力。比如，美國跨性別運動家和理論家瑞基·安妮·威爾金斯（Riki Anne Wilchins）在《酷兒理論，性別理論（Queer Theory, Gender Theory）》一書中，提出了用“性別酷兒”來理解“跨性別”運動的遠景，也就是說，運動的重點正在於對性別的酷兒化。現在，也有一些社會運動家開始使用“性別酷兒”或者“非二元性別”這一標籤，不過正如加拿大行動家S.·拜爾·拜格曼（S. Bear Bergman）和英國學者梅格-約翰·巴克（Meg-John Barker）在2017年的一篇文章中提到的，性別酷兒的社會運動中的很多元素在早先的跨性別運動中就已經存在了，特別是對於性別二元制度的批評和反思，在這一點上，性別酷兒是對於跨性別運動的延續。
“X性別”於1990年代末在日本關西地區的出版物以及網際網路上開始出現，一般被用來指代既非男性也非女性的性別認同，也就是性別為“X”。使用這個性別認同的人對於“X”有不同的理解，有的將之視作和“性別酷兒（genderqueer）”表達一樣的意思，有的則把它作為一個涵蓋所有非男女二元性別的辭彙。和跨性別者常用的女跨男（female to male，FTM）、男跨女（male to female，MTF）相似，自我認同為X 性別的人也可能會用FTX（female to X，即女跨X）、MTX（male to X，即男跨X）、XTX（X to X，即X跨X）來表達自己。X 性別的概念在日本的發明和使用說明在非西方的社會中，非二元性別的文化不僅僅和傳統文化有關，也可能是晚近的現象。在全球化的背景下，這些新的性別辭彙很可能和來自歐美文化的性別文化（比如性別酷兒）有密切的關係。
欺凌和暴力：由於性別酷兒的性別認同和性別表達可能不符合主流規範，因此可能會遭遇直接的欺凌、甚至暴力。美國學者香農·E.·懷斯（Shannon E. Wyss）在一項對24位美國的跨性別和性別酷兒在校學生的研究中發現，其中11位學生曾因自己不符合二元性別的性別表達（如穿著不符合性別規範的衣服），在學校里被其他的同學推搡，有三位遭遇過嚴重的肢體暴力，包括被毆打身體特別是性器官；6位學生遭遇過性騷擾和性暴力，包括在其他學生面前被強迫脫衣服、被強迫性接觸、甚至是被強姦，這些性騷擾和性暴力和性慾望本身關係不大，往往是施害人對於性別酷兒學生的公開嘲諷和羞辱。
公共服務中的歧視和排斥：當性別酷兒試圖尋求各種公共服務時，也可能會遭遇到來自工作人員的歧視和排斥。美國的研究者詹娜·M.·卡爾頓（Jenna M. Calton）等人發現，雖然性別酷兒、跨性別、同性戀等少數群體也面臨親密關係暴力的問題，但是和順性別、異性戀等群體相比，這些少數群體更難獲得切實有效的親密關係暴力方面的服務，因為很多這一領域工作的社會工作者缺乏相關的知識，而且還可能在提供諮詢的過程中發表歧視言論。美國的研究者阿萊塔·鮑德溫（Aleta Baldwin）等人總結了性別酷兒在醫療系統中遇到的歧視，如醫護人員根據自己的印象隨意假設性別酷兒的性別、缺乏針對性的醫療知識（如不知道使用什麼樣的代詞和性別稱呼）、對病人的性別認同和性別表達發表歧視言論（如評論性別酷兒“腦子有問題”）等。鮑德溫等人的研究中也展示了一些積極的例子，比如醫護人員具有性別多元的理念、尊重病人的性別認同和性別表達、在處理和性別認同和性別表達有關的醫療問題時（如激素使用的問題）充分諮詢病人的意見和想法等。此文還提出了一些建議，呼籲醫療教育中更多的納入性別多元的內容，讓醫護人員可以有更多的充分的培訓。
由於以上列出的種種問題，會導致性別酷兒面臨更多身心健康風險。美國全國跨性別平等中心（National Centre for Transgender Equality）在2015年對兩萬多名跨性別、性別酷兒等性別少數群體進行的調研中顯示，49%的性別酷兒有嚴重的心理問題，這一比例遠高於美國人口的平均水平（5%），甚至高於同一調查中持二元性別認同的跨性別（即性別認同為“男性”或“女性”的跨性別）群體的比例（35%）。這一調查還顯示，在獲取醫療、心理諮詢等公共衛生服務上，雖然70%的性別酷兒希望獲得性別相關的心理諮詢，只有31%的人實際上獲得了諮詢，這一比例也明顯低於二元性別認同的跨性別群體（73%）。性別酷兒面臨的歧視、污名、排斥、暴力的環境確實會對這一群體造成切實的傷害，而解決這些問題，需要文化、教育、制度、政策法律等多方面的努力，才能創造更加多元和包容的環境。
1990年5月17日，世界衛生組織將同性戀從《國際疾病與相關健康問題統計分類》中刪除。之後，為了紀念這一改善性少數權益的事件，國際不再恐同恐跨恐雙日委員會（International Day Against Homophobia Committee, IDAHO Committee）將每年的5月17日定為“國際不再恐同恐跨恐雙日”。
