引物設計

引物設計是一小段單鏈DNA或RNA,在核酸合成反應時,作為每個多核苷酸鏈進行延伸的出發點而起作用的多核苷酸鏈。

基本介紹

  • 中文名:引物設計
  • 外文名:primer design
  • 用途:PCR擴增
  • 所屬學科:生物學
引物設計簡介,引物設計原則,

引物設計簡介

引物設計是一小段單鏈DNA或RNA,作為DNA複製的起始點,在核酸合成反應時,作為每個多核苷酸鏈進行延伸的出發點而起作用的多核苷酸鏈,在引物的3′-OH上,核苷酸以二酯鏈形式進行合成,因此引物的3′-OH,必須是游離的。

引物設計原則

1、長度:15—30bp,其有效長度[Ln=2(G十C)十(A十T)]一般不大於38,否則PCR的最適延伸溫度會超過Taq酶的最佳作用溫度(74度),從而降低產物的特異性。
2、G十C含量:應在40%一60%之間,PCR擴增中的復性溫度一般是較低Tm值引物的Tm值減去5—10度。引物長度小於20時,其Tm恆等於4×(G十C)十2×(A十T)。
3、鹼基分布的隨機性:應避免連續出現4個以上的單一鹼基。尤其是不應在其3’端出現超過3個的連續G或C,否則會使引物在G十C富集序列區錯誤引發。
4、引物自身:不能含有自身互補序列,否則會形成髮夾樣二級結構
5、引物之間:兩個引物之間不應有多於4個的互補或同源鹼基,不然會形成引物二聚體,尤應避免3’端的互補重疊。
6、上下游引物的互補性:一個引物的3‘末端序列不允許結合到另一個引物的任何位點上。
7、3’末端:如果可能的話,每個引物的3‘末端鹼基應為G或C。
8、引物應當超出限制性內切酶識別位點至少3個核苷酸。

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