簡併性引物是指代表編碼單個胺基酸所有不同鹼基可能性的不同序列的混合物。PCR為了增加特異性,可以參考密碼子使用表,根據不同生物的鹼基使用偏好,減少簡併性。簡併度越低,產物特異性越強,設計引物時應儘量選擇簡併性小的胺基酸,並避免引物3'末端簡併。
鹼基是指嘌呤和嘧啶的衍生物,是核酸、核苷、核苷酸的成分。DNA和RNA的主要鹼基略有不同,其重要區別是:胸腺嘧啶是DNA的主要嘧啶鹼,在RNA中極少見;相反,尿嘧啶是RNA的主要嘧啶鹼,在DNA中則是稀有的。除主要鹼基外,核酸中也有一些含量很少的稀有鹼基。稀有鹼基的結構多種多樣,多半是主要鹼基的甲基衍生物。