引物設計原理

引物設計原理,是一種植物設計原理。

基本介紹

  • 中文名:引物設計原理
  • 長度:寡核苷酸引物長度為 15~30bp
  • Tm 值:一般控制在 55~60℃
  • (G+C)含量:比例一般為 40~60%
原理,設計流程,

原理

1、 選擇合適的靶序列:設計引物之前,必須分析待測靶序列的性質,選擇高度保守、鹼基分布均勻的區域進行引物設計。
2、 長度:一般來說,寡核苷酸引物長度為 15~30bp。
3、 Tm 值:引物的 Tm 值一般控制在 55~60℃,儘可能保證上下游引物的 Tm 值一致,一般不超過 2℃。若引物中的 G+C 含量相對偏低,則可以使引物長度稍長,而保證一定的退火溫度
4、 (G+C)含量:有效引物中(G+C)的比例一般為 40~60%。
5、 鹼基隨機分布:引物中四種鹼基的分布最好是隨機的,不存在聚嘌呤和聚嘧啶,尤其在引物的 3’端不應超過 3 個連續的 G 或 C。
6、 引物自身:引物自身不存在連續 4 個鹼基以上的互補序列,如迴文結構,髮夾結構等,否則會影響到引物與模板之間的復性結合,尤其避免 3’末端的互補。

設計流程

先進行序列下載,然後進行 同源性比較 ,最後進行引物設計篩選 。

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