巴黎貝爾西站是一個盡頭式的火車站，開口朝西北方向。受地形影響，站台、站房及前面的小廣場比相鄰的貝爾西大道（Boulevard de Bercy）要高出大約6米，有露天電梯和殘疾人電梯與地面相連。相比於其他的六個火車站，巴黎貝爾西站的設施非常簡陋，其候車廳面積不超過1000平方米，也沒有配套的大型餐飲或購物中心。
本站可直達城市
以下城市按照法語名的首字母順序排列，加粗字型的城市為省會（Préfecture）：
屈爾河畔阿爾西（Arcy sur Cure）、歐吉（Augy）、歐塞爾（Auxerre）、博訥（Beaune）、索恩河畔美麗城（Belleville sur Saône）、布里亞爾（Briare）、約訥河畔尚皮尼（Champigny-sur-Yonne）、沙尼（Chagny）、索恩河畔沙隆（Chalon sur Saône）、沙泰勒森蘇瓦（Châtel-Censoir）、約訥河畔尚（Champs sur Yonne）、克萊蒙費朗（Clermont-Ferrand）、羅亞爾河畔孔訥（Cosne-Cours-sur-Loire）、約訥河畔庫朗日（Coulanges-sur-Yonne）、克拉旺（Cravant）、第戎（Dijon）、弗爾尚博勒（Fourchambault）、日安（Gien）、茹瓦尼（Joigny）、羅亞爾河畔拉沙利特（La-Charité-sur-Loire）、屈爾河畔呂西（Lucy-sur-Cure）、里昂（Lyon）、馬孔（Mâcon）、馬伊拉維勒（Mailly-la-Ville）、米熱納（Migennes）、蒙達爾紀（Montargis）、蒙巴爾（Montbard）、穆蘭（Moulins）、內穆爾（Nemours）、訥韋爾（Nevers）、維爾尼松河畔諾讓（Nogent-sur-Vernisson）、籹（Nuits）、約訥河大橋鎮（Pont-sur-Yonne）、普格雷若（Pougues-les-Eaux）、里永（Riom）、聖弗洛朗坦（Saint-Florentin）、金山聖日耳曼（Saint-Germain-au-Mont-d'Or）、聖朱利安杜索勒（Saint-Julien-du-Sault）、桑斯（Sens）、賽爾米澤勒（Sermizelles）、同奈爾（Tonnerre）、圖爾尼（Tournus）、羅亞爾河畔特拉西（Tracy sur Loire）、韋納雷勒洛梅（Venarey les Laumes）、韋隆（Véron）、維希（Vichy）、索恩河畔自由城（Villefranche sur Saône）、吉雅爾新城（Villeneuve-la-Guyard）、約訥河畔新城（Villeneuve-sur-Yonne）、旺塞勒（Vincelles）、武特內（Voutenay）巴黎貝爾西站的通達度
本站出發需中轉可到達的主要城市
在克萊蒙費朗站（Gare de Clermont-Ferrand），可換乘省內列車（TER）或大巴車，前往歐里亞克（Aurillac）、布里巫德（Brioude）、伊蘇瓦爾（Issoire）、朗格尼（Langogne）、馬爾弗約勒（Marvejols）、芒德（Mende）、訥薩爾格（Neussargues-Moissac）、聖弗洛爾（Saint Flour）、沃勒維克（Volvic）等地。從巴黎貝爾西站可以直達美麗的克萊蒙費朗
在訥韋爾站（Gare de Nevers），可換乘TER列車，前往德西茲（Desize）、歐布瓦河畔拉蓋爾士（La Guerche sur l'Aubois）、呂茲（Luzy）等方向。
前往巴黎里昂站（Paris Gare de Lyon）：沿著貝爾西路（Rue de Bercy）向西步行850米即可，大約需要15分鐘；也可乘坐巴黎公交87路（方向：三月田（Champs de Mars））直達，大約需要5分鐘。
前往巴黎東站（Gare de Paris Est）：乘坐巴黎捷運14號線（方向：聖拉扎爾（Saint-Lazare）），在沙特雷站（Châtelet）換乘巴黎捷運4號線（方向：克利尼昂庫爾門（Porte de Clignacourt）），在火車東站（Gare de l'Est）站下車即可，此方案大約需要20~30分鐘。
前往巴黎北站（Gare de Paris Nord）：乘坐巴黎捷運14號線（方向：聖拉扎爾（Saint-Lazare）），在巴黎里昂站（Gare de Lyon）下車，換乘巴黎大區快鐵D線（RER D）（方向：克伊（Creil）或歐里拉維勒庫瓦（Orry-la-Ville Coye）），在火車北站（Gare du Nord）下車即可，大約需要20分鐘。
前往巴黎聖拉扎爾車站（Gare de Paris Saint Lazare）：乘坐巴黎捷運14號線（方向：聖拉扎爾（Saint-Lazare）），在終點站下車即可，大約需要25分鐘。也可乘坐巴黎公交24路（方向：聖拉扎爾（Saint-Lazare）），也是到終點下車，大約需要40分鐘。
前往巴黎蒙帕納斯車站（Gare de Paris Montparnasse）：乘坐巴黎捷運6號線（方向：凱旋門（Charles de Gaulle - Étoile）），在蒙帕納斯-比洋維尼宇（Montparnasse-Bienvenüe）站下車即可，大約需要20分鐘。
前往巴黎奧斯特里茨車站（Gare de Paris Austerlitz）：根據路牌指示，向西經貝爾西路（Rue de Bercy）步行道巴黎里昂站，再左轉向南步行經梵谷路（Rue Van Goah），穿過塞納河即可到達，大約需要20分鐘。若行李較多，也可在站門口乘坐巴黎公交24路（方向：聖拉扎爾（Saint-Lazare）），需要大約10分鐘。
前往馬恩河谷站（Gare de Marne la Vallée Chessy），乘坐巴黎捷運6號線（方向：民族站（Nations）），在民族站（Nation）換乘巴黎大區塊鐵A線（RER A）（方向：馬恩河谷-謝西（Marne la Vallée Chessy））直達，大約需要55分鐘。
前往戴高樂機場站（Gare d'Aéroport Charles de Gaulle 2 TGV），①沿貝爾西路（Rue de Bercy）步行至巴黎里昂站，乘坐該站門口由法國航空公司（Air France）提供的機場巴士，可直接到達，票價17歐，大約需要一個小時。②也可乘坐巴黎捷運14號線（方向：聖拉扎爾（Saint-Lazare）），在沙特雷站（Châtelet ）根據指示換乘巴黎大區塊鐵B線（方向：戴高樂機場2號航站樓（Aéroport Charles de Gaulle 2）），在終點站下車即可，大約需要1小時10~20分鐘，票價10歐。不過這條線路上小偷和搶劫犯很多，犯罪率極高，不建議乘坐，特別是女生。
巴黎貝爾西站的通達度
從巴黎貝爾西站可以直達美麗的克萊蒙費朗