工商稅收入審計是對產品稅、營業稅和增值稅等收入的審核、稽查。其主要內容：(1) 有無偷稅漏稅和欠稅情況。產品稅在工商稅收中所占比重較大，一般採用自行計算稅款、自行填寫專用繳款書、自行向銀行繳納稅款的方式。如經審查，問題嚴重，審計人員應提出改變“三自”辦法的意見。稅款計算出來以後，應由稅務機關審核，再填寫專用繳款書，按規定日期繳庫。(2) 地方稅務機關有無擴大集市交易稅的範圍，多計分成收入，有無侵占國家稅收的現象。審計人員應抽查完稅證或稅收專用繳款書，核實稅種，必要時向重點納稅戶進行調查核對，如發現有多計集市交易稅，因而多留分成收入的情況，應提出糾正意見。
(3) 抽查對城鄉個體工商戶的徵稅情況。對城鄉個體工商戶，一般採用定期定額交稅的辦法，稅額憑估計核定。審計人員必須事先了解稅務機關是採取什麼辦法核定稅額和如何徵收稅款。注意調查測算一部分個體工商戶的實際營業情況，審查其核定稅額所依據的營業額是否過低或過高。(4) 專用繳款書編號是否連續，金額有無塗改，收入數與解交數是否相符。審查中發現問題，應追查有關人員責任，提出處理意見。(5) 減免稅是否符合稅法的規定。審計人員必須了解稅法對某些納稅人和徵稅對象給予鼓勵和照顧的減免規定。審計時應查閱全部減免稅單位提出的申請書，看是否符合稅法的減免規定，減免的期限和比例是否恰當，審批手續是否完備，並審查企業是否混淆征免界限，將應稅收入報為免稅收入。稅務機關是否對征免界限實行有效的檢查和監督。
