等位基因間互補Interalleliccomplementation指異源多具體蛋白質由兩個不同突變等位基因編碼的亞單位間作用引起的性質改變。混合型蛋白質可能比一種類型亞單位構成的蛋白質活性強或者弱互補作用。只有當基因型為A-B-時才表現出AB的性狀，基因型中含有aa或bb都會導致ab表現型，這種現象稱為基因互補。
兩個非等位的突變基因同處在一個雜合體細胞或局部合子（見細菌接合）中時，野生型基因補償突變型基因的缺陷而使細胞的表型恢復正常的作用。例如圖a順反位置效應示意,同一細胞中的一個染色體上的基因A發生了突變,可是它的基因B是完好的，另一個同源染色體上的基因B發生了突變，可是它的基因A是完好的，由於彼此補償了對方突變基因帶來的缺陷，所以細胞的表型是正常的。如果兩個突變基因是在一個染色體上，而另一個同源染色體上的這兩個基因是正常的，結果也相同(圖b順反位置效應示意)。如果兩個突變型都是在基因A座位上發生突變的結果,那么在它們分處於兩個同源染色體上的情況下便缺少了野生型基因A,因此細胞的表型是突變型(圖c順反位置效應示意)。如果這兩個突變型都位於同一個染色體的基因A座位上,由於另一個同源染色體上的基因A是完好的,因此細胞的表型是正常的(圖d順反位置效應示意)。如示意圖a順反位置效應示意、c順反位置效應示意那樣兩個突變分別位於兩個同源染色體上的基因組合稱為反式構型；反之如示意圖b順反位置效應示意、d順反位置效應示意那樣兩個突變位於同一個染色體上的基因組合稱為順式構型。比較順式和反式構型的細胞的表型從而判斷兩個突變是否屬於同一基因的測驗，稱為順反位置效應測驗，簡稱順反測驗或互補測驗。這種互補作用是兩個基因之間的互補作用，所以也稱為基因間互補。互補作用也指在同一細胞中一個野生型基因對於另一個等位的突變型基因的單方面的補償作用。順反位置效應測驗 美國分子生物學家S.本澤首先在大腸桿菌噬菌體T4中根據上述原理來判斷一系列緊密連鎖的快速溶菌突變型rⅡ是否屬於一個基因。他首先分離得到數以千計的表型相同的rⅡ突變型。通過雜交,根據重組頻率繪製出基因精細結構的遺傳學圖。然後通過噬菌體混合感染進行互補測驗,結果說明全部rⅡ突變型可以區分為rⅡA和rⅡB兩群(見基因定位)。同屬於rⅡA或同屬於rⅡB的兩個突變型在混合感染中沒有互補作用，任何一個rⅡA突變型和任何一個rⅡB突變型在混合感染中都有互補作用而使表型恢復正常。本澤把在反式構型中不能互補的各個突變型在染色體上所占的一個區域稱為一個順反子。順反測驗結果說明順反子是一個必須保持完整才具有正常生理功能的遺傳物質的最小單位，因此實際上它等同於基因，是基因的同義詞。此外，本澤把一個基因內部能造成可遺傳的表型變化的最小的結構單位稱為突變子，把不能通過重組而分割的結構單位稱為重組子（見基因）。基因內互補 在脈孢菌、酵母菌、大腸桿菌、沙門氏菌等生物中曾經發現在某一個基因內部的不同位點的突變型之間也有互補作用,這種互補稱為基因內互補,它在兩個方面不同於一般的基因間互補：①基因間互補可發生在任何兩個非等位基因之間，基因內互補只發生在同一基因內的若干不同的突變型之間；②基因間的互補作用一般情況下可完全恢復野生型表型，不論這兩個基因的距離有多遠。基因內互補則最多只能使表型恢復到野生型的25%，而且突變位點相距愈近則互補程度愈弱。呈現基因內互補現象的一系列突變位點構成一個互補群。呈現基因內互補現象的互補群所編碼的肽鏈都是某一酶蛋白的一個亞基，而這個蛋白質則由若干相同的亞基所構成。因此有人構想兩個在不同部位發生結構變化的亞基可能聚合成為有少量正常酶活性的酶蛋白，一般認為這便是基因內互補的分子基礎。套用 在互補測驗中，必須使待測的兩個染色體或染色體片段同處在一個細胞中。在細菌中，這可以通過細菌接合、轉導、F因子轉移、噬菌體混合感染等途徑而實現。在真核生物中則可以通過細胞融合（見體細胞遺傳學）等方法取得。在遺傳學研究中，互補測驗和基因定位同屬於最基本的研究手段。例如在大腸桿菌中曾獲得一系列影響F因子轉移功能的突變型，對於這些突變型進行互補測驗的結果說明在F因子上和接合轉移有關的基因有13個。人類中有不同類型的著色性乾皮病，採用細胞融合方法對不同類型的著色性乾皮病患者的體細胞進行互補測驗，到1978年為止至少已發現7個基因和這種皮膚癌的發生有關（見DNA損傷修復）。
