反式互補效應是相鄰基因座上功能互補的兩個等位基因(此處以a和b表示)分別位於不同染色體上(反式：a+/+b)的現象。等位基因，又稱對偶基因，是一些占據染色體的基因座的可以複製的脫氧核糖核酸。大部分時候是脫氧核糖核酸序列，有的時候也被用來形容非基因序列。
若一個染色體上的等位基因座位上的基因以兩個以上的狀態存在，便稱為復等位基因。若成對的等位基因中兩個成員完全相同，則該個體對此性狀來說成為純合子。若兩個等位基因各不相同，則該個體對該性狀來說是雜合子。在雜合子配對中，顯性等位基因使隱性等位基因的性狀得不到表現。某些成對基因的兩個成員為共顯性的，即彼此間沒有顯性和隱性的關係。
