以檔案內容所反映的主要問題(事由)作為分類標準，將全宗內檔案分為若干類別的方法。這種分類方法能較好地保持檔案之間在內容方面的聯繫，使性質相同的檔案比較集中,避免或減少同類問題檔案分散的現象,並能比較突出地反映一個立檔單位主要工作活動的面貌，便於按專題查找和利用檔案。但採用問題分類法應該慎重，不應輕易打亂組織機構而先按問題分類。一般是在不可能或不適於按組織機構分類，或者每個機構內檔案相當多而要再分屬類時才採用問題分類法。
按照問題分類首先要參照機關的職權範圍和基本的工作任務，根據檔案的實際狀況設類，絕對不能根據一時的利用需要隨意設類，也不允許設虛類。類目體系要力求簡單明確，層次也不宜過多。類別概念與全宗、各類概念之間，必須遵循相應相稱、分類標準同一性、子項互不相容的原則。類別概念的外延也不能與全宗名稱的外延等同，比如在某糧食局全宗內，不能設定糧食類。同一級各類之間不能彼此交叉，如設人事類的同時，不能再設幹部任免類。在一份或一組檔案內容所屬類別伸縮性較大，或檔案涉及幾個類目的情況下，應該按檔案內容所反映的主要問題準確無誤地歸入相應問題的類別。為了解決全面性、綜合性檔案的歸類，通常應設綜合類，或稱總類。
