同源模建是一個根據模板蛋白將一級序列轉成3D結構的技術總稱,包括了threading和homology兩種。
基本介紹
- 中文名:同源模建
- 分類:threading、homology
- 定義:根據模板蛋白將一級序列轉成3D結構的技術總稱
同源模建是一個根據模板蛋白將一級序列轉成3D結構的技術總稱,包括了threading和homology兩種。
同源模建是一個根據模板蛋白將一級序列轉成3D結構的技術總稱,包括了threading和homology兩種。在這兩種中,又以後者重要(因為簡單而且準確性高),在很多軟體中都提供了相應的功能,做的最好的商業軟體是INSIG...
《同源模建結合分子對接指導的新酶發現策略》是依託山西大學,由李彬春擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 利用生物催化技術改造或取代傳統化工工藝已成為化學工業可持續發展的必然趨勢。開發催化活性高、專一性強以及穩定性高的理想...
FUGUE 劍橋大學開發的同源模建工具,在同源性低的情況下也能夠幫助找到良好的蛋白模板。Unity 化學資料庫的搜尋、分析、管理系統。搜尋方法包括二維子結構搜尋,相似度搜尋,基於藥 效團的搜尋等等。AUSPYX 基於Oracle資料庫,存儲和直接...
1. 通過蛋白質資料庫或同源模建的方法獲得目標蛋白質的相關結構信息。2. 基於經驗或分子模擬軟體分析找到潛在的配基結合位點,這個位點可能是蛋白質的活性點,也可能是它的天然互補配基結合位點,或者是溶劑暴露區域等。3. 建立一個...
研究的重點包括:1.建立包含心臟毒性數據的藥代動力學性質和毒性(ADMET)線上資料庫專家系統;2.採用人工智慧方法建立基於藥物分子結構的藥物心臟毒性的理論預測模型;3.採用同源模建,分子動力學模擬,分子對接和自由能計算研究hERG鉀離子...
同源模建、虛擬篩選、分子對接、分子動力學等 個人經歷 教育經歷 2009/09 - 2012/06,吉林大學,分子酶學實驗室,博士 2006/09 - 2009/06,吉林大學,分子酶學實驗室,碩士 2002/09 - 2006/06,吉林大學,藥學院藥學系,學士 工作...
5生物學和醫學中的同源模建103 5.1引言103 5.1.1同源模建的概念103 5.1.2同源蛋白是如何產生的?104 5.1.3同源模建的目的105 5.1.4基因組計畫的影響106 5.2數據輸入107 5.3方法109 5.3.1在不同層次的複雜性上模建...
第二節 同源模建預測蛋白質結構的基本步驟 11 一、參考蛋白搜尋 11 二、確定結構保守區 11 三、蛋白主鏈的模建 11 四、側鏈安裝 12 五、最佳化處理 12 六、合理性檢測 12 第三節 利用SWISS-MODEL伺服器進行蛋白質結構同源模建操作...
本研究以家蠅(昆蟲的代表)和大鼠(哺乳動物的代表)作為研究對象,通過計算機輔助分子設計技術、生物信息學和分子生物學方法相結合,建立小分子抑制劑的藥效團模型和受體的虛擬模型,區分抑制劑對家蠅和大鼠的選擇性規律;利用同源模建方法...
為此,本項目首先採用同源模建技術建立昆蟲SDH的三維結構。與此同時,提取純化昆蟲SDH並建立抑制劑篩選方法。通過理論與實驗相結合,建立具有較強預測能力的、可靠的SDH三維結構。在此基礎上,分別以丙烯腈類和醯胺類SDH抑制劑為先導結構,...
同時根據枯草桿菌蛋白酶和eglin c複合物的晶體結構,計算機同源模建了前體加工酶與eglin c突變體結構之間的相互作用,並結合實驗數據得到以下結果:(1)P1位引入的鹼性殘基是該抑制劑活力的前提。(2)P4位鹼性殘基的引入可以極大的提高...
通過同源模建和分子力學最佳化及分子動力學模擬,結合相關實驗數據,得到可靠的酶的三維結構。對三維結構表面性質進行分析,確定酶的活性位點的構型和胺基酸組成,並進行底物分子與底酶的對接。根據底物分子與活性位點中胺基酸的互相作用能指認...
研究方案:通過計算機同源模建獲得突變信息,通過計算機輔助分子設計結合突變庫篩選的方法,一方面降低抗體分子的等電點以減少內皮細胞的非特異性吞噬,降低其進入細胞被降解的機會;另一方面通過促進抗原抗體複合物在細胞內的解離來實現抗體的...
首先利用同源模建方法構建IGPS的三維空間模型,篩選針對IGPS的先導化合物。然後將抑制IGPS的先導化合物單獨或與INH聯合使用,從基因和蛋白水平觀察抑菌作用。並將先導化合物與INH聯合用藥治療結核菌感染的實驗動物,從系統水平驗證先導化合物...
只要給出未知結構序列與另一個已知三維結構蛋白的比對,利用工業標準的快速同源模建方法,便可自動並快速產生最佳化的蛋白同源模型。對於靶標發現及蛋白家族功能結構分析,MODELER是一個理想的解決方案。用MODELER還可以模擬蛋白突變,進行loop區...
研究內容包括:(1)以同源模建的Vif蛋白及Vif-ElonginB-ElonginC複合物結構模型為基礎進行小分子化合物的虛擬篩選,獲得對Vif功能具有抑制作用的活性化合物;(2)藉助於計算機輔助設計策略對活性化合物進行結構最佳化,以提高化合物的活性,...
本項目擬採用基因工程技術克隆柑橘青黴菌包括義大利青黴 (P.italicum)、擴展青黴(P.expansum)等的重要靶標酶CYP51基因,進行多樣性分析;結合分子模擬、同源模建和定點突變技術研究柑橘青黴菌CYP51活性中心結構及其與抑制劑(DMIs)相互作用...
郭繼平等採用結構生物學和生物信息學手段對米麴黴鹼性蛋白酶的三維結構進行了同源模建。通過序列相似性搜尋蛋白序列資料庫和布魯克海文PDB蛋白結構資料庫,找到了編號pdb|2B6N|A和pdb|11C6|A的蛋白質與米麴黴鹼性蛋白酶序列同源性達到了...
聚焦主要免疫突觸形成分子的結構及功能研究,同源模建分析了6種葡萄球菌腸毒素與豬MHC II分子的互作界面氫鍵作用力,從強到弱為:SEO>SEQ>SEK> SEA>SEU>SEG。腸毒素α3-β8環可選擇性特異識別TCRVβ的CDR2、CDR3區空間結構,α...
第三節 蛋白質同源模建技術 一、實驗方法及操作步驟 二、同源模建套用舉例 第二章 基於藥效團的藥物發現 第一節 藥效團技術基本原理 一、藥效團的基本概念 二、藥效特徵元素的定義 第二節 藥效團模型的構建方法 一、基於配體活性小...
因此,本項目在已發現東亞飛蝗多達11個Lynx的基礎上推進以下研究:通過外源表達和電生理實驗明確Lynx的調控功能差異與選擇性;結合分子模擬及同源模建,明確Lynx空間結構與功能的關聯;建立Lynx與nAChR互作的分子模型並通過胺基酸定點突變等驗證...
利用 SWISS-MODEL 分子模建服務系統同源模建米麴黴中性蛋白酶三維結構。再通過蛋白序列比對和三維結構結果,找出在活性中心附近且非常保守的胺基酸作為待突變位點。接著利用quick change突變試劑盒進行定點突變並將突變酶基因在畢赤酵母中表達...
本課題利用漆酶具廣泛的作用底物可對AFB1降解,同時又有相對較為清晰的研究背景,可在同源模建獲得酶結構三維信息的基礎上,利用分子對接和計算機輔助設計預測漆酶和AFB1的結合模式及親和力,從分子水平上闡明真菌漆酶酶促降解AFB1的規律和...
該研究將四種綠茶兒茶素分別與尿激酶進行分子對接研究, 結合對接結果從分子水平上討論兒茶素與尿激酶可能的結合模式,從而為尿激酶與兒茶素相互作用機理研究提供信息,為尿激酶抑制劑型抗癌藥設計提供參考;採用同源模建(Homology Modeling)、...
第8章 同源模建及分子動力學模擬分析 174 8.1 生物大分子立體結構研究概述 174 8.1.1 生物大分子結構確定方法 174 8.1.2 蛋白質結構的同源模建 175 8.1.3 同源模建的基本步驟 176 8.2 細胞色素c蛋白的同源模建 176 8.2...
同時,通過利用同源模建、分子對接,藥效團搜尋等相關技術,對中藥複方血必淨與黃連解毒湯治療膿毒症的藥效物質基礎進行了全面的解析【11】【12】。藥代學 計算中藥藥代學是在現代藥物代謝動力學原理的指導下,通過信息學和計算機的方法對...
在前期工作中,我們基於EV71 VP1蛋白的同源模建數據,設計併合成了以苯氧烷基吡嗪為母核的系列化合物,並利用體外篩選模型篩選出具有良好抗病毒活性的先導化合物。本研究從最新解析的EV71病毒顆粒三維結構入手,通過計算機輔助藥物設計的手段...
(1)本項目對大腸桿菌O157中肽聚糖水解酶LdcA及其多種同源蛋白質進行初步晶體學研究,但未能如願解析其三維結構;使用同源模建方法構建了LdcA的三維模型,揭示了其潛在的催化胺基酸。 (2)本項目解析了大腸桿菌O157中天冬氨酸/谷氨酸消旋酶...
為從分子水平上找到最直接的證據,擬從藥物與HLA-肽的非共價相互作用入手,通過高通量同源模建和分子對接的方法建立藥物與HLA-肽對接指紋圖譜資料庫,繼而採用基於遺傳算法的支持向量機和人工神經網路模型進行特徵指紋提取和SADR預測方法研究...