吉林大學歐洲研究所前身為吉林大學歐洲研究中心。吉林大學歐洲研究中心是在歐盟—中國高等教育項目的資助下,於1998年11月5日正式成立。2005年11月30日,吉林大學歐洲研究中心在歐盟委員會組織的“中國-歐盟歐洲研究中心項目”(ESCP)招標中成功中標,標誌著中心步入了嶄新的發展道路。為了整合校內外研究力量,提升吉林大學在歐洲研究領域的學術研究和學術影響力,更好地支持國家對外經濟戰略,2012年3月,歐洲研究中心更名為吉林大學歐洲研究所,研究所下設歐盟法律研究室、歐盟貿易與金融研究室、歐洲政治與國際關係研究室和歐洲哲研究室四個研究室。目前,吉林大學歐洲研究所已發展為國內研究歐洲一體化、歐洲經濟、政治發展的重要研究機構。吉林大學歐洲研究所現任所長由吉林大學總會計師、博士生導師杜莉教授擔任。