克孜勒蘇柯爾克孜自治州食品藥品監督管理局是克孜勒蘇柯爾克孜自治州人民政府直屬機構。
職責調整,主要職責,
職責調整
（一）將食藥局承擔的綜合協調食品安全、組織查處食品安全重大事故的職責劃入衛生局。
（二）將衛生局承擔的食品衛生許可，餐飲業、食堂等消費環節食品安全監管和保健品、化妝品衛生監督管理的職責劃入食藥局。
主要職責
（一）組織實施國家和自治區餐飲服務食品安全、藥品、醫療器械、保健食品、化妝品監督管理的法律、法規和規章。
（二）負責餐飲服務許可和餐飲服務食品安全監督管理。
（三）負責保健食品和化妝品衛生監督管理。
（四）負責藥品、醫療器械監督管理。組織實施藥品和醫療器械研製、生產、流通、使用過程的質量管理規範；核發藥品、醫療器械經營許可證。監督實施國家藥品、醫療器械標準；配合有關部門實施國家基本藥物制度；組織實施處方藥和非處方藥分類管理制度。監督管理放射性藥品、麻醉藥品、毒性藥品、精神藥品和藥品類易製毒化學品。
（五）負責有關藥品、醫療器械、保健食品、化妝品跨縣（市）違法案件的查處與組織協調。負責有關廣告的監測工作。
（六）組織實施餐飲服務食品安全管理規範，開展餐飲服務食品安全狀況調查和監測工作。組織查處餐飲服務食品安全和藥品、醫療器械、保健食品、化妝品等的研製、生產、流通、使用過程的違法行為。
（七）組織實施中藥、民族藥監督管理規範；組織實施中藥材生產質量管理規範、中藥飲片炮製規範。
（八）指導各縣(市)和所屬單位開展餐飲服務食品安全和藥品、醫療器械、保健食品、化妝品的監督管理；指導相關的應急、不良反應監測、經營質量管理規範認證、稽查、檢驗檢測和電子監管網路建設工作。
（九）組織實施藥品、醫療器械不良反應（事件）監測、再評價工作。
（十）協助自治區食品藥品監督管理局開展藥品生產經營質量管理規範認證、從業人員的法律法規培訓工作；協助管理各縣市食品藥品監督管理局領導班子。
（十一）承辦克州人民政府和自治區食品藥品監督管理局交辦的其他事項。
