中華人民共和國水利部預算執行中心是政府部門，承擔預算單位用款計畫、直接支付申請、信息管理以及預算執行進度考核、水利資金使用監督檢查等具體業務工作等。
主要職責,機構設定,
主要職責
受水利部委託，承擔部預算執行、政府採購、預算項目管理和機關財務資產管理等有關具體工作，對部審計室進行管理。
（一）承擔水利財政資金國庫集中支付和政府採購的規定、辦法和實施方案的研究擬訂工作。
（二）承擔預算單位用款計畫、直接支付申請、信息管理以及預算執行進度考核、水利資金使用監督檢查等具體業務工作。
（三）承擔部門集中採購工作及部直屬預算單位政府採購實施計畫、統計報表等具體業務工作。
（四）承擔部預算項目的立項審查、評審驗收、績效評價等工作。
（五）承擔部機關的財務管理、會計核算及國有資產監督管理工作。
（六）參與對部屬單位政府採購和預算執行情況的監督、檢查和績效考評工作。
（七）負責管理部審計室的黨務、行政、人事、財務等工作。
（八）承辦部交辦的其他工作。
機構設定
（一）內設機構
根據以上職責，中心內設綜合處、國庫支付處、政府採購處、項目管理處和機關財務資產處五個處，均為正處級。
（二）單列機構
水利部審計室。
