上海交通大學交通運輸研究所是一個多學科交叉的研究機構。經過多年的建設和發展，在運輸系統分析、智慧型運輸系統和區域物流系統規劃與管理等領域承擔了國家863計畫、國家科技支撐計畫、國家自然科學基金、上海市教委重點學科基金以及上海科委、建委大量研究項目，取得了一批在國內外產生重要影響並對地方社會經濟發展有適用價值的理論和套用成果，培養了一批博士、碩士高層次交通運輸學科領域的人才，對我國交通運輸領域的科學研究和上海交通運輸事業的發展起到了積極的推動作用。
上海交通大學交通運輸研究所現有5名專兼職教師組成，其中，教授2名，副教授1名，講師2名，並有多名博士研究生和碩士研究生參與工作。
上海交通大學交通運輸研究所研究所的研究領域如下：
1.運輸系統規劃
以交通運輸系統效率最大化為目標，按照系統工程的思想，研究區域和城市交通運輸規劃理論、方法、模型和技術。主要包括可持續交通運輸系統規劃的理論與方法，用戶、運輸企業和政府的經濟行為分析及運輸需求預測理論與模型，運輸系統運行組織的最佳化方法與管理技術，大都市圈的公共運輸與交通一體化，交通運輸項目社會經濟影響評價的理論與方法等。
2.交通系統仿真
研究交通網路最佳化理論與方法，計算機與通信信息技術在交通系統管理中的套用，公路與城市道路交通流動態特性的觀測技術，交通流運行行為機理、統計特性及其模型化，駕駛員的交通行為特性與模型化、交通系統仿真建模理論與方法，基於分散式並行算法的交通仿真器的開發研製，交通系統設計與運營管理方案的仿真評價與最佳化
3.運輸經濟與政策
研究交通運輸經濟及技術管理理論、方法、模型和技術，交通運輸發展戰略與產業技術政策，交通運輸系統與社會經濟協調發展理論，運輸行業管理理論與方法，運輸企業、運輸樞紐運營管理及生產組織理論與技術、交通運輸技術支持系統管理理論及技術創新。
4.物流系統分析與最佳化設計
以物流系統績效最大化為目標，按照系統工程的思想，研究區域和城市物流系統分析的理論、方法、模型和技術。主要包括運輸樞紐規劃與物流園區規劃的理論與方法，物流配送系統運行組織最佳化方法與管理技術，物流系統仿真技術，物流系統智慧型化、一體化、網路化技術。
5.智慧型化交通系統管理與控制
研究智慧型運輸系統(ITS)基本理論，城市道路和高速公路的交通控制和交通流誘導系統，先進的交通管理系統，先進的出行者信息系統，先進的公共運輸運輸管理系統，先進的商業車輛管理系統。
