舞檯燈光恢復正常，而時間已回到了49年前。那是巴黎歌劇院的舞台上，藝術總監雷耶爾先生正幫助首席女高音卡爾洛塔和首席男高音皮爾吉（卡爾洛塔的情夫）排歌劇《漢尼拔》。而吉莉夫人也正在指導伴唱伴舞的女孩們進行練習。這時，即將退休的老經理帶來了兩位客人費爾明和安德烈，他們兩位即將接任歌劇院經理的位置。正當卡爾洛塔在為兩位新領導獻上一首當晚準備演出的Think of Me時，突然舞台天幕上掉下來的一塊布景引起了騷亂，大家紛紛猜測是歌劇院的幽靈（Phantom of the Opera）乾的。卡爾洛塔耍起小脾氣不肯繼續排練，並離場聲稱不再參加歌劇院的演出。正在焦急的時候，吉莉夫人向大家推薦克里斯汀，費爾明問克里斯汀是誰教會她這么美妙的歌喉，克里斯汀卻說不知道，於是大家抱著無可奈何的心態試聽。結果，在排練場和當晚的演出中，克里斯汀的歌喉征服了所有人，包括當晚到場觀看演出的年輕的貴族拉烏爾，他也是歌劇院的資助人。
當晚，演出開始了，為了幫助安德烈他們阻撓魅影的計畫，拉烏爾坐入5號包廂。魅影被他們的輕蔑激怒了，先是將舞台上傲慢的卡爾洛塔的嗓音變成了蛤蟆叫，導致演出的中斷，後來又在芭蕾表演的時候把已經被旁遮普套索絞死的布蓋的屍體從舞台天幕上吊下來，引起了觀眾們的慌亂。克里斯汀和拉烏爾趁著大家的驚慌，逃到了屋頂上。在那裡，她向拉烏爾訴說了自己的遭遇，拉烏爾一面安慰她說這一切都是夢境，一面向克里斯汀表示了埋藏已久的愛意，兩人合唱了一曲All I Ask of You互表心意。然而這一切還是沒有逃出躲藏在暗處的魅影的監視。在拉烏爾和克里斯汀相擁離開屋頂後，魅影痛苦於拉烏爾對克里斯汀的迷惑以及克里斯汀的背叛，決定詛咒他們。在《啞仆》演出結束演員謝幕時，劇院的大吊燈墜下砸在克里斯汀跟前，毫無疑問，這就是魅影的憤怒所示！
於是乎，一切都開始行動，雷耶爾先生開始給大家排練新的歌劇，在嘈雜的排練房裡，正當人們忙碌而且緊張到了極點的時候，突然放置一旁的鋼琴在沒有人彈奏得情況下自己彈出了排練曲目。驚惶失措的克里斯汀奪路逃出，來到了父親的墓地前，向墓碑上的父親塑像訴說著自己的憂慮和恐慌，唱著Wish You Were Somehow Here Again，希望能得到他的幫助。突然，魅影又出現在了她面前。魅影告訴她自己就是他父親說的Angel of Music，就是來引導和保護她的。被過度驚嚇的克里斯汀再次被魅影迷惑住。這時拉烏爾也聞訊趕到了墓地，並力勸克里斯汀不要相信魅影的話。魅影企圖挑逗拉烏爾上前跟他決鬥，但是拉烏爾被克里斯汀制止並一起逃離了墓地。魅影憤怒之餘，發誓要報復他們兩個人。
演出在合唱中開始了，按照劇情。皮爾吉扮演的唐璜和其僕從為了設計引誘由克里斯汀扮演的女主人公，進入舞台上的隔間換上僕從的服裝。但是魅影早已設計好了在隔間內用旁遮普套索吊死了皮爾吉，然後換上了劇情中的斗篷，遮住自己的臉，出來和克里斯汀一起演唱了劇中一段優美的詠嘆調The Point of No Return。演出中，克里斯汀偶然觸碰到了魅影的面部，發現對方並不是皮爾吉，就掀開了斗篷，一時間大家被舞台上的突變嚇住，而拉烏爾為了不傷害克里斯汀，也阻止了士兵開槍。魅影按捺不住內心的渴望，用柔和的嗓音，向克里斯汀表明愛意，而克里斯汀也勇敢地揭下了魅影的面具，讓觀眾們都看到了魅影的扭曲的相貌。在一片驚呼聲中，魅影帶上克里斯汀，再次消失在眾目睽睽之前，讓拉烏爾精心布置的陷阱落了空。同時，舞台上的人們也發現了早已死在布景後面的皮爾吉。
莎拉·布萊曼（Sarah Brightman）與韋伯曾有過一段戲劇性的姻緣，韋伯當年的一些傑作幾乎都是為她度身定做，Brightman憑藉演出《歌劇院幽靈》，使她戲裡戲外成了永恆的克里斯汀（Christine，劇中女主人公），被譽為“首席紅伶”。她的聲音很特別，古典女高音中盡顯流行風格，越高音處越響亮，近幾年推出的《Time To Say Goodbye》和《Eden》兩張專輯由展示出她富於變化的一面。
韋伯很聰明，他把導演一職留給喬·舒馬赫，自己還是全程監製並重新安排了電影管弦配樂，還新作了一曲《Learn To Be Lonely》來暗喻“魅影”仍要孤獨一生的悲傷。在音樂創作中，韋伯運用了超現實手法和異化聲音的處理，把一個黑暗與神秘的巴黎歌劇院表現得聲色無常，這樣華麗刺激的聽覺享受，不光是Christine，也許是很多人在心底隱藏的小小幻想。
原來的音樂劇就有大量經典音樂，這絕對保證了電影中感情色彩表達的震撼力，也是電影的主要靈魂所在。在這部電影中，舒緩、緊迫、狂躁、激情的音樂不斷交替，而且幾首旋律如the phantom of the opera，all I ask of you貫穿始終，同樣的旋律巧妙表達了不同的感情，也奠定了作品的情感基調。
克莉斯汀（女主人公）第一次真正的踏上自己的舞台，女主角嶄露頭角美麗朦朧，《think of me》的音樂則輕柔悅耳；歌聲開始，也展開的故事的發展。導演利用這樣一個大的環境塑造了這一角色（克莉斯汀），讓影片伴隨歐洲巴黎歌劇院所演出的歌劇而進行故事的展開。
克莉斯汀的第一部歌劇成功後，回到自己的房間，點上蠟燭聽到了音樂天使（幽靈）的鼓勵。
克莉斯汀的好朋友來找拉烏爾，兩人以歌唱的形式開始了一段對話。
但克莉斯汀和拉烏爾的相愛讓藏在鏡子後的劇院幽靈十分氣憤，便從鏡子後現身，女主人公和幽靈第一次接觸，在幽靈的充滿誘惑的歌聲的指引下，在黑暗的密道里，克莉斯汀步步緊隨，兩人乘著小船，來到位於歌劇院地下暗湖中心的密室里。在這充滿夢幻色彩的地下室 ，幽靈用溫柔而又有力的歌聲《The Music Of The Night》讓克莉斯汀拋開世俗的羈絆，加入到黑暗王國，吟唱他譜寫的黑暗，歌聲旋律悠揚婉轉。歌聲和音樂也是優美圓潤。當女主角前往地下王國時，The Phantom Of The Opera的音樂高亢，激昂，神秘又略帶緊迫；眾人爭論不休時，音樂輕快滑稽；女主角身處墓地時，音樂哀婉淒迷； 電影除了使用樂劇表演外，畫面人物和音樂的使用也是別具風味，拉克被殺時，音樂的急促和拉克逃命的心跳，逃跑匯成一體，充分的將惶恐表現的淋漓盡致。
演出魅影的歌劇《唐璜的勝利》時，幽靈故伎重演，不知不覺絞死了扮演唐璜的皮兒吉，親自披掛上陣，與克莉斯汀一起演唱了一段優美的詠嘆調《覆水難收》（The Point Of No Return）音樂低沉狂野，符合魅影的性格；整部電影也隨著《唐璜》的勝利，將克莉斯汀要挾到地下室，讓克莉斯汀做出選擇，背景音樂危急激烈，這個地下王國則顯得黑暗恐怖，克莉斯汀做出了一個驚人的舉動，她平靜的一吻喚起幽靈內心深處的美好情感，八音盒清脆的聲音伴隨著主人哀婉的歌聲，為這段傳奇添上了一個餘韻悠長的結尾。
