《QM/MM方法的發展以及其在酶催化反應機理研究中的套用》是依託華東師範大學,由向雲擔任項目負責人的青年科學基金項目。
基本介紹
- 中文名:QM/MM方法的發展以及其在酶催化反應機理研究中的套用
- 項目類別:青年科學基金項目
- 項目負責人:向雲
- 依託單位:華東師範大學
《QM/MM方法的發展以及其在酶催化反應機理研究中的套用》是依託華東師範大學,由向雲擔任項目負責人的青年科學基金項目。
《金屬調控脫氮酶催化反應機理的QM和QM/MM組合方法研究》是依託浙江工商大學,由謝湖均擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 脫氮作用是生物圈中氮循環的重要組成部分,它可以把多種氮氧化合物還原生成氮氣。大量氮氧化合物的排放,引起嚴重的環境問題,危害人體健康。而脫氮酶所包含的四種金屬酶能夠有效地...
《DNA氧化損傷產物酶催化反應機理的QM/MM分子動力學模擬》是依託北京化工大學,由張欣擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 8-氧鳥嘌呤是DNA受到活性氧自由基攻擊後形成頻率最高、致突變性最強的氧化損傷產物。這種損傷會引起鹼基的錯誤配對,使DNA序列產生突變,從而導致腫瘤的發生發展、機體細胞的老化及某...
《QM/MM-FEP法研究亞鐵螯合酶催化卟啉金屬化反應機理》是依託中山大學,由沈勇擔任項目負責人的重大研究計畫。中文摘要 以枯草桿菌(Bacillus subtilis)的亞鐵螯合酶與N-methylmesoporphyrin(N-MeMP)共聚體的晶體結構為初始模型,建立QM/MM計算模型。通過QM/MM計算,確定亞鐵離子插入卟啉環的通道、與亞鐵離子配位的...
《QM/MM方法研究生物酶作用下典型有機農藥的降解機理》是依託山東大學,由張慶竹擔任項目負責人的面上項目。中文摘要 有機農藥是使用量大、施用面廣、毒性強的一類化學品。許多有機農藥具有或可能具有致癌、致畸、致突變效應及環境內分泌干擾效應。有機農藥可在各種環境介質中降解,轉化成安全無毒或毒性較低的產物,...
《極化QM/MM方法及在DNA鹼基質子遷移與電荷轉移中的套用》是依託西南交通大學,由王紅艷擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 發展極化的耦合量子力學/分子力場(QM/MM)方法,考慮QM/MM邊界原子的相互極化作用,根據電離平衡過程中化學勢變化,調節QM/MM邊界原子的電荷分布,使QM和MM區域邊界原子相互極化自洽,...
《綠色螢光蛋白光異構機理的QM/MM研究》是依託四川大學,由徐定國擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 光化學現象是生物體系中的基本現象之一,在實際生活中已經廣泛套用於能源,醫學等重要領域,對於生物體系光化學現象的微觀理解能夠幫助我們在這些領域取得更大的進展。本項目擬發展一種基於TD-DFTB方法的混合量子力學和...
《QM/MM方法研究溶劑效應對立體選擇性反應的影響》是依託華南師範大學,由彭亮擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 本課題組前期工作發現DFT/PCM模型對於硫脲與DMAP催化的硝基烯烴與硫葉利德的立體選擇性反應計算結果與實驗結果不完全一致,推測是由於對溶劑效應的模擬存在偏差導致的。本項目擬採用QM/MM方法來考察...
它的晶體結構最近才被測定,相關的機理研究也很匱乏。因此,HDAC2選擇性抑制劑的設計研究充滿挑戰。.本課題旨在通過基於機理的方法來設計出HDAC2選擇性抑制劑:利用我們自主發展的SLEF力場,以及先進的QM(DFT)/MM方法,結合虛擬篩選、分子動力模擬、MM-PBSA和FEP等手段,在原子甚至電子水平上探討HDAC2的內在作用機...
《Rubisco羧化/氧化特異性因子差異的QM/MM比較研究》是依託中山大學,由李國富擔任項目負責人的重大研究計畫。中文摘要 Rubisco催化地球上最重要的生化反應:1,5-二磷酸核酮糖(RuBP)的羧化- - -固定大氣中的CO2,將太陽能儲存於碳水化合物中。這正是我們的食物、煤炭及石油等物質的源泉。然而,Rubisco是目前已知...
《金屬鋅配合物模擬酶催化磷酸酯水解機制的理論研究》是依託中山大學,由趙存元擔任項目負責人的面上項目。中文摘要 作為生命體系中物質之一的核酸水解或降解領域極富有挑戰性的前沿課題,金屬配合物催化核酸水解面臨許多反應機理的難題亟待解決.本項目以理論化學為基礎,利用密度泛函理論、從頭算方法以及QM/QM(MM)方法,對...
蛋白酶的催化機理具有很多相似性,因此研究P450酶的催化性能具有很廣闊的理論與實際套用前景。本人具有套用分子動力學模擬(MD)、量子力學(QM)、混合量子力學與分子力學(QM/MM)方法對複雜生物分子(特別是細胞色素P450蛋白酶)的反應機理進行理論研究的能力;具有獨立開闢新領域的經歷和敏銳的科研意識;具有與世界頂級...
探明光誘導色素激發態分子內電子轉移、分子間電子轉移和O-O鍵形成的微觀機理,預測光系統II反應中心蛋白質環境、介質、配體對其光催化活性和光物理與光化學性質的影響,為完全了解光合作用的機理研究和拓展人工光合作用的套用提供理論支持。結題摘要 項目基於QM和QM/MM計算及MD和CG模擬,構建了光系統II凝聚相計算模型,...
項目將通過QM/MM模型的建立與最佳化,蛋白環境對發光體激發態的影響,可能的電子轉移機理,以及發光過程的能量學等幾個方面的研究,搞清水母生物發光的本質、機理和化學起源,為其生物發光的實際套用提供理論依據和指導。結題摘要 本項目將通過組合量子力學/分子力學(QM/MM)計算,用多參考態的電子相關方法(CASSCF,CAS...
2. 我們實現了對ABC蛋白質ATP結合區域(NBD)QM/MM 建模,利用QM/MM nudged elastic band (NEB)方法計算沿ATP水解反應途徑的自由能(PMF)變化 ,首次研究了麥芽糖ABC輸運酶催化ATP水解反應機理。 3. 我們發展套用了QM/MM NEB方法首先研究了ATP在水環境中的水解反應機理,與先前的研究相比,我們不僅得到更為接...
酶催化機制 酶催化機制是2008年公布的生物化學與分子生物學名詞。定義 闡述酶如何與底物相結合,酶催化底物的反應進程,影響酶催化效率的主要因素等一系列問題。主要分為酸鹼催化、共價催化、多元催化、金屬離子催化、微觀可逆原理五種機制。出處 《生物化學與分子生物學名詞》。
輔酶A轉移酶 輔酶A轉移酶是2008年公布的生物化學與分子生物學名詞。定義 一類催化醯基輔酶A或乙醯輔酶A將輔酶A轉移給羧基受體並生成硫醇酯的酶。出處 《生物化學與分子生物學名詞》。
科研重點是面向產業、面向國際,構造具有核心競爭力的研發平台,圍繞著提升企業的核心競爭力,系統解決若干技術支撐體系問題,服務於微電子行業和地區產業的科學工程與套用的發展。實驗室在實踐研發和企業合作中的主要目標是聯合設計企業,系統地研發IP以及解決服務支撐體系中的技術問題,並將積極參與研究或發起制定國家或...
21不對稱自催化反應的發現與早期研究進展35 22手性有機化合物引發的不對稱自催化反應39 23手性無機化合物及物理因素引發的不對稱自催化反應42 24新發現的不對稱自催化反應體系44 25不對稱自催化反應的套用45 26不對稱自催化反應與絕對不對稱合成46 27不對稱自催化反應的機理研究47 28自然界...
3 國家科委國家重點基礎研究發展計畫(973計畫)項目。項目名稱:生命體系識別和調控過程中重要化學問題的基礎研究。課題名稱:組合QM/MM計算方法及其在生物酶中的套用。50萬元,課題編號:2004CB719902.4 中國石油天然氣(集團)總公司:非晶態超高分子聚合物工程熱力學參數理論計算及物系分子力學模擬,30萬元,項目...
研究方向 (1)有機小分子和有機金屬催化反應的理論研究(DFT方法),特別是路易斯鹼不對稱催化反應及其選擇性的理論研究。(2)酶催化和抑制反應機理的理論研究(QM/MM方法)。教授課程 《結構化學》、《理論與計算化學》、《線性代數》、《Gussian程式套用》、《物理化學實驗》主要貢獻 主持科研項目(課題)情況:(1...
(五)酶催化,金屬酶研究(QM/MM方法):薛丁格軟體提供的QM/MM方法可以考慮蛋白活性位點的化學反應。所需模組:Qsite, Jaguar;(六)生物分子結構模擬:可以精確模建蛋白、核酸、多糖結構;所需模組Prime, MacroModel;(七)ADME性質預測:套用於藥理方面的研究;所需模組:QikProp;(八)化學信息學:薛丁格軟體...
套用及前景 通過蛋白質的定向進化技術對蛋白進行分子改造, 極大地促進了酶工程、代謝工程以及醫藥等很多領域的發展, 對增強蛋白的穩定性及底物特異性、改變或增強蛋白質的活性等方面都取得了巨大的成果。提高酶的催化活性 提高酶的催化活性是人們進行蛋白質改造最基本的願望之一。有許多報導都證明定向進化技術對於提高酶...
(2) 組蛋白去乙醯化酶(HDAC)分子機制研究和選擇性抑制劑設計 Zhou, J.; Li, M.; Chen, N.; Wang, S.; Luo, H.; Zhang, Y.*; Wu, R.* Computational Design of a Time-Dependent Histone Deacetylase 2 Selective Inhibitor. ACS Chem. Biol. 2015, 10, 687-692.(3) 發展基於QM/MM方法的藥物...
[1] 國家自然科學基金面上項目(21673085)基於非正交定域分子軌道計算非線性光學性質的程式開發和套用 (2017-2020)[2] 國家自然科學基金面上項目(21571068)球形結構化半導體-石墨烯類複合材料的光化學構築與光催化性能研究(2016-2019)[3] 國家自然科學基金青年基金(21403074)QM/MM 方法研究溶劑效應對立體選擇...
4. Guangcai Ma, Wenyou Zhu, Hao Su, Na Cheng, Yongjun Liu*.Uncoupled Epimerization and Desaturation by Carbapenem Synthase: Mechanistic Insights from QM/MM Studies. ACS Catalysis. 2015, 5, 5556-5566.5. Wenyou Zhu, Yongjun Liu*.Ring Contraction Catalyzed by the Metal-Dependent Radical SAM ...
2007-2008年在美國Western Michigan University進修訪問,師從著名學者莫亦榮教授,以CHARMM 、 GAMESS 和 GAUSSIAN等為工具開展了QM/MM分子動力學模擬、基於酶靶點的藥物設計、小分子間相互作用能的定量分解、質子轉移研究等方面的研究工作。教育經歷 1985年四川獲理學學士學位(四川師範學院化學系),1988年獲理學碩士學位...
主要從事理論和計算化學研究,工作主要包括:(1)參與建立和發展分子形貌像理論,研究分子的形狀和大小;(2)結合密度泛函理論下電負性均衡的研究,探討有機和生物分子體系的分子間相互作用、極化和成鍵以及反應的理論表征。(3)從事原子-鍵電負性均衡融合進分子力場的(ABEEM/MM)浮動電荷力場研究水溶液的性質以及應...
值得高興的是,λ法與AI法在判斷聯合毒性作用方式及其強弱時的結果均為一致。比如蘇麗敏等在測定苯胺和硝基苯胺對大型蚤的聯合毒性時,發現兩種方法評價的結果都一致,均為協同作用,而且在等毒性配比時的協同作用最強。但是由於採用的嘗試法求λ值較繁瑣[10],因此目前尚未得以廣泛套用。定量研究 可見,污染物聯合毒性...
實驗室間比對研究 這是一個廣泛使用的概念,是由多家實驗室對給定樣品各自獨立地開展一個或多個量的系列測量活動。有時,也被稱為“循環檢驗”、“合作研究計畫’’或“協作分析研究”。這種“研究”除了用作標準物質定值外,還可用作其他很多目的。在一些分析測試的套用領域裡,實驗室間比對(合作)研究(實驗室...