《Python生物信息學數據管理》是電子工業出版社2017年出版的圖書,作者是(意)Allegra Via (阿萊格拉 維亞)等。
基本信息,內容簡介,目錄信息,
基本信息
Python生物信息學數據管理
叢書名 :生命科學與信息技術叢書
著 者:(意)Allegra Via (阿萊格拉 維亞) 等
作 譯 者:盧宏超等
出版時間:2017-01
千 字 數:538
版 次:01-01
頁 數:336
開 本:16開
I S B N :9787121303821
內容簡介
本書實例意在解決生物學問題,通過“編程技法”的形式,涵蓋儘可能多的組織、分析、表現結果的策略。在每章結尾都會有為生物研究者設計的編程題目,適合教學和自學。本書由六部分組成:Python語言基本介紹,語言所有成分介紹,高級編程,數據可視化,生物信息通用包Biopython,最後給出20個"編程秘笈”,範圍涵蓋了從二級結構預測、多序列比對到蛋白質三維結構的廣泛話題。此外,本書附錄還包括了大量的生物信息常用資源的信息。
目錄信息
第一部分入門
第1章Python shell
1.1本章知識點
1.2案例: 計算ATP水解的ΔG
1.2.1問題描述
1.2.2Python會話示例
1.3命令的含義
1.3.1如何在電腦上運行這個例子
1.3.2變數
1.3.3導入模組
1.3.4計算
1.4示例
1.5自測題
第2章第一個Python程式
2.1本章知識點
2.2案例: 如何計算胰島素序列中的胺基酸頻率
2.2.1問題描述
2.2.2Python會話示例
2.3命令的含義
2.3.1如何執行程式
2.3.2程式如何工作
2.3.3注釋
2.3.4字元串變數
2.3.5用for進行循環
2.3.6縮進
2.3.7列印至螢幕
2.4示例
2.5自測題
第一部分小結
第二部分數 據 管 理
第3章分析數據列
3.1本章知識點
3.2案例: 樹突長度
3.2.1問題描述
3.2.2Python會話示例
3.3命令的含義
3.3.1讀取文本檔案
3.3.2寫入文本檔案
3.3.3將數據收入列表
3.3.4將文本轉換為數字
3.3.5將數字轉換為文本
3.3.6將數據列寫入文本檔案
3.3.7計算數值列表
3.4示例
3.5自測題
第4章解析數據記錄
4.1本章知識點
4.2案例: 整合質譜數據, 轉化到代謝通路中
4.2.1問題描述
4.2.2Python會話示例
4.3命令的含義
4.3.1if/elif/else語句
4.3.2列表數據結構
4.3.3簡潔列表創建方式
4.4示例
4.5自測題
第5章搜尋數據
5.1本章知識點
5.2案例: 將RNA序列翻譯為相應的蛋白質序列
5.2.1問題描述
5.2.2Python會話示例
5.3命令的含義
5.3.1字典
5.3.2while語句
5.3.3用while循環搜尋
5.3.4字典搜尋
5.3.5列表搜尋
5.4示例
5.5自測題
第6章過濾數據
6.1本章知識點
6.2案例: 使用RNAseq輸出數據
6.2.1問題描述
6.2.2Python會話示例
6.3命令的含義
6.3.1用簡單的for...if組合過濾
6.3.2合併兩個數據集
6.3.3兩組數據之間的差異
6.3.4從列表、 字典和檔案中刪除元素
6.3.5保持或不保持順序地刪除重複
6.3.6集合
6.4示例
6.5自測題
第7章管理表數據
7.1本章知識點
7.2案例: 確定蛋白濃度
7.2.1問題描述
7.2.2Python會話示例
7.3命令的含義
7.3.1二維表的表示方法
7.3.2訪問行和單元格
7.3.3插入和刪除行
7.3.4訪問列
7.3.5插入和刪除列
7.4示例
7.5自測題
第8章數據排序
8.1本章知識點
8.2案例: 數據表排序
8.2.1問題描述
8.2.2Python會話示例
8.3命令的含義
8.3.1Python列表有利於排序
8.3.2內置函式sorted()
8.3.3用itemgetter排序
8.3.4按升序/降序排序
8.3.5數據結構(元組、 字典)排序
8.3.6按長度對字元串排序
8.4示例
8.5自測題
第9章模式匹配和文本挖掘
9.1本章知識點
9.2案例: 在蛋白質序列中搜尋磷酸化模體
9.2.1問題描述
9.2.2Python會話示例
9.3命令的含義
9.3.1編譯正則表達式
9.3.2模式匹配
9.3.3分組
9.3.4修改字元串
9.4示例
9.5自測題
第二部分小結
第三部分模組化編程
第10章將程式劃分為函式
10.1本章知識點
10.2案例: 處理三維坐標檔案
10.2.1問題描述
10.2.2Python會話示例
10.3命令的含義
10.3.1如何定義和調用函式
10.3.2函式參數
10.3.3struct模組
10.4示例
10.5自測題
第11章用類化繁為簡
11.1本章知識點
11.2案例: 孟德爾遺傳
11.2.1問題描述
11.2.2Python會話示例
11.3命令的含義
11.3.1用類創建實例
11.3.2類以屬性的形式包含數據
11.3.3類包含的方法
11.3.4__repr__方法可列印類和實例
11.3.5使用類有助於把握複雜程式
11.4示例
11.5自測題
第12章調試
12.1本章知識點
12.2案例: 程式無法運行時應該怎樣處理
12.2.1問題描述
12.2.2Python會話示例
12.3命令的含義
12.3.1語法錯誤
12.3.2運行時錯誤
12.3.3處理異常情況
12.3.4未報告出錯信息
12.4示例
12.5自測題
第13章使用外部模組: R語言的Python調用接口
13.1本章知識點
13.2案例: 從檔案中讀取數據, 並通過Python使用R計算其平均值
13.2.1問題描述
13.2.2Python會話示例
13.3命令的含義
13.3.1rpy2和r實例的robjects對象
13.3.2從Python中讀取R對象
13.3.3創建向量
13.3.4創建矩陣
13.3.5將Python對象轉換成R對象
13.3.6如何處理包含點的函式參數
13.4示例
13.5自測題
第14章構建程式流程
14.1本章知識點
14.2案例: 構建NGS流程
14.2.1問題描述
14.2.2Python會話示例
14.3命令的含義
14.3.1如何使用TopHat和Cufflinks
14.3.2什麼是程式流程
14.3.3在程式中交換檔案名稱和數據
14.3.4編寫程式包裝器
14.3.5關閉檔案時的延遲
14.3.6使用命令行參數
14.3.7測試模組: if__name__=='__main__'
14.3.8處理檔案和路徑
14.4示例
14.5自測題
第15章編寫良好的程式
15.1本章知識點
15.2問題描述: 不確定性
15.2.1程式編寫存在不確定性
15.2.2程式項目實例
15.3軟體工程
15.3.1將編程項目分成小任務
15.3.2將程式分為函式和類
15.3.3編寫格式良好的代碼
15.3.4使用存儲庫控制程式版本
15.3.5如何將自己的程式分發給其他人
15.3.6軟體開發的周期
15.4示例
15.5自測題
第三部分小結
第四部分數據可視化
第16章創建科學圖表
16.1本章知識點
16.2案例: 核糖體的核苷酸頻率
16.2.1問題描述
16.2.2Python會話示例
16.3命令的含義
16.3.1matplotlib庫
16.3.2繪製豎的柱狀圖
16.3.3為x軸和y軸添加標註
16.3.4添加刻度
16.3.5添加一個圖例框
16.3.6添加圖的標題
16.3.7設定圖表的邊界
16.3.8以低解析度和高解析度導出一個圖像檔案
16.4示例
16.5自測題
第17章使用PyMOL創建分子圖像
17.1本章知識點
17.2示例: 鋅指
17.2.1什麼是PyMOL
17.2.2PyMOL會話示例
17.3用七個步驟來創建高解析度的圖像
17.3.1創建一個PyMOL腳本檔案
17.3.2載入和保存分子
17.3.3選取分子的局部
17.3.4為每個選取選擇展現形式
17.3.5設定顏色
17.3.6設定攝影位置
17.3.7導出高解析度圖像
17.4示例
17.5自測題
第18章處理圖像
18.1本章知識點
18.2案例: 畫一個質粒
18.2.1問題描述
18.2.2Python會話示例
18.3命令的含義
18.3.1創建一個圖像
18.3.2讀和寫圖像
18.3.3坐標
18.3.4繪製幾何形狀
18.3.5旋轉圖像
18.3.6添加文本標記
18.3.7顏色
18.3.8輔助變數
18.4示例
18.5自測題
第四部分小結
第五部分Biopython
第19章使用序列數據
19.1本章知識點
19.2案例: 如何將一條DNA編碼序列翻譯成對應的蛋白質序列, 並把它寫入
FASTA檔案
19.2.1問題描述
19.2.2Python會話示例
19.3命令的含義
19.3.1Seq對象
19.3.2把序列當成字元串工作
19.3.3MutableSeq對象
19.3.4SeqRecord對象
19.3.5SeqIO模組
19.4示例
19.5自測題
第20章從網路資源中檢索數據
20.1本章知識點
20.2案例: 在PubMed中用關鍵字搜尋文獻, 下載並解析對應的記錄
20.2.1問題描述
20.2.2Python會話示例
20.3命令的含義
20.3.1Entrez模組
20.3.2Medline模組
20.4示例
20.5自測題
第21章使用三維結構數據
21.1本章知識點
21.2案例: 從PDB檔案中提取原子名及其三維坐標
21.2.1問題描述
21.2.2Python會話示例
21.3命令的含義
21.3.1Bio.PDB模組
21.3.2SMCRA結構層次
21.4示例
21.5自測題
第五部分小結
第六部分編 程 秘 笈
編程秘笈1: PyCogent庫
編程秘笈2: 反向互補和隨機化序列
編程秘笈3: 用機率創建隨機序列
編程秘笈4: 用Biopython解析多序列聯配
編程秘笈5: 從多序列聯配中計算共有序列
編程秘笈6: 計算系統發生樹的節點間的距離
編程秘笈7: 核苷酸序列的密碼子頻率
編程秘笈8: 解析Vienna格式的RNA二級結構
編程秘笈9: 解析BLAST的XML輸出
編程秘笈10: 解析SBML檔案
編程秘笈11: 運行BLAST
編程秘笈12: 訪問、 下載和讀取網頁
編程秘笈13: 解析HTML檔案
編程秘笈14: 將PDB檔案分割成PDB鏈檔案
編程秘笈15: 在PDB結構上找到兩個最靠近的Cα原子
編程秘笈16: 提取兩個PDB鏈間的界面
編程秘笈17: 用Modeller建立同源模型
編程秘笈18: 用ModeRNA分析RNA三維同源模型
編程秘笈19: 從三級結構計算RNA鹼基配對
編程秘笈20: 結構重疊的真實實例: 絲氨酸蛋白酶催化三分子
附錄
附錄A命令概覽
附錄BPython資源
附錄C記錄樣板
附錄D處理目錄和用UNIX編程