CLIP-seq

CLIP-seq,又稱為HITS-CLIP，即紫外交聯免疫沉澱結合高通量測序(crosslinking-immunprecipitation and high-throughput sequencing), 是一項在全基因組水平揭示RNA分子與RNA結合蛋白相互作用的革命性技術。

概念

其主要原理是基於RNA分子與RNA結合蛋白在紫外照射下發生耦聯，以RNA結合蛋白的特異性抗體將RNA-蛋白質複合體沉澱之後，回收其中的RNA片段，經添加接頭、RT-PCR等步驟，對這些分子進行高通量測序，再經生物信息學的分析和處理、總結，挖掘出其特定規律，從而深入揭示RNA結合蛋白與RNA分子的調控作用及其對生命的意義。

類似的方法

PAR-CLIP ，用於識別RNA結合蛋白的結合位點和microRNA-核糖核蛋白複合物（miRNPs）的另一種方法；

RIP晶片 ，相同的目標和第一步驟，但不使用交聯，使用微陣列而不是測序；

ChIP-seq ，尋找，DNA的相互作用而不是RNA；

SELEX ，找到一個共識結合序列的方法。