16S 核糖體RNA（16S ribosomal RNA），簡稱16S rRNA，是原核生物的核糖體中30S 亞基的組成部分。
16S rRNA的長度約為1,542 nt。 一個細菌的細胞中可包含多種具有不同序列的16S rRNA。
簡介,通用前體,進化指征,
簡介
16S 核糖體RNA（16S ribosomal RNA），簡稱16S rRNA，是原核生物的核糖體中30S 亞基的組成部分。
16S rRNA的長度約為1,542 nt。 一個細菌的細胞中可包含多種具有不同序列的16S rRNA
已知16S rRNA具有如下幾項功能：
16S rRNA具有與原核生物核糖體大亞基中的23S rRNA相似的結構決定功能，可作為核糖體蛋白質結合的架構。在足量Mg2+存在下分離到的16S rRNA處於緊密狀態，其空間結構與30S 亞基的大小和形狀十分相似。
16S rRNA的3'端含有能與mRNA上游AUG起始密碼子通過氫鍵結合的反夏因-達爾加諾序列。另有發現表明，16S rRNA中1,505－1,539的CCUCC序列與mRNA的相應序列有互補關係。
16S rRNA能通過氫鍵與23S rRNA結合，增強原核生物70S 核糖體一大一小兩個亞基（50S 亞基與30S 亞基）結合時的穩定性。
16S rRNA能通過其1,492及1,493的腺嘌呤殘基（參見嘌呤分子結構圖解）的N1原子與mRNA骨架上的2'OH基團之間產生氫鍵，使核糖體A位密碼子－反密碼子的鹼基互補配對穩定化。
通用前體
由於不同種的真細菌與古細菌間的16S rRNA基因（16S rDNA）是高度保守的，16S rDNA常被用於對各種生物進行的系統發育學方面的研究這種運用16S rRNA對生物進行系統發育學研究的方法由卡爾·沃斯（Carl Woese）開創。另外，線粒體和葉綠體中的rRNA也都被擴增了。 在獲得能提供系統發育學信息的16S rRNA分子時需要利用通用PCR引物對16S rRNA分子進行擴增。 16S rRNA序列的對比分析需要在這類“通用引物”的脫氧核糖核酸分子的輔助下完成，這類分子具有如下序列：
8UA正向：5'-AGA GTT TGA TCM TGG CTC AG-3'
519B反向：5’-GTA TTA CCG CGG CKG CTG-3'
反向：ACG GCT ACC TTG TTA CGA CTT
這類引物因並未在發現的幾種屬於納古菌門（Nanoarchaeota）的熱液古菌中分離識別出來，也被稱為準通用引物。
進化指征
在眾多的生物大分子中，最適合於提示各類生物親緣關係的是rRNA,尤其是16S rRNA被普遍認為是一把好的譜系的“分子尺”這是因為：
1. rRNA參與生物蛋白質的合成過程，其功能是任何生物都必不可少的，而且在生物進化的漫長經歷中其可能保持不變。
2. 在16S rRNA分子中，既含有高度保守的序列區域又有中度保守和高度變化的序列區域，因而它適用於進化距離不同的各類生物。
3. 16S rRNA相對分子質量大小適中，便於分析。在5S rRNA、23S rRNA和16S rRNA三種分子中，5S rRNA包含120個核苷酸，雖然它也可以作為一種信息分子加以利用，但由於其信息量小套用上受到限制。23S rRNA蘊含著大量的信息，但序列測量和分析比較的工作量較大。而16S rRNA相對分子質量大小適中（約含1540個核苷酸）含有比較廣泛的的生物信息量，加上rRNA在細胞中含量大（約占細胞中RNA的90%）也易於提取。
4. 16S rRNA普遍存著於真核生物和原核生物中，真核生物中其同源分子是18S rRNA。
