魚類系統學與生物地理學學科組研究工作運用形態學、分子生物學、個體發育的手段對淡水魚類開展α、β、γ水平上的分類學研究；使用歷史生物地理學的理論和方法研究魚類分布格局的形成過程。套用生物信息學方法使我所淡水生物標本在新的運行模式下利用和管理。通過野外採集不斷補充標本館的標本。將中國淡水魚類物種、地理分布、基因序列等生物多樣性信息集成在一個資料庫中並與國際通用生物信息資料庫的網路連線和查詢。保持了淡水魚類標本收藏亞洲第一的地位。保持了鯉形目魚類系統發育研究在國內外的主導地位。探索進化生物學研究的新理論、新手段，積極參與國際競爭。大力投入水生生物標本館及網路信息系統的的建設，使用網路和數位化技術加強對我所魚類標本的管理，使生物標本這一國家戰略性資源的管理和利用達到已開發國家的中等水平。該組的前身“魚類分類學科組”主要開展淡水魚類的分類學研究工作。該組具有悠久的歷史和優良的傳統，在國內外魚類學界享有一定的知名度。它建立並維持了一個有40萬號，1000餘種淡水魚類標本的、亞洲最大的標本館。先後有伍獻文、陳宜瑜、曹文宣研究員入選中國科學院院士。魚類學學科組自建立以來，積極開展魚類的基礎和套用基礎研究，在國內和國際都具有較高的知名度。在80年代初就在伍獻文教授的倡導下，開展系統發育的理論和實踐。對鯉形目、鯉科魚類的系統發育研究在80年代引起國際魚類學界的普遍關注；首次套用裂腹魚物種分化模式探討青藏高原的隆升過程。先後編輯出版了《中國鯉科魚類志，上、下》、《中國動物志，魚綱，鯉形目》上中下、《長江魚類》、《中國淡水魚類原色圖集1、2、3》等重要的魚類學著作。
