馬端臨稅收思想是指認為賦稅制度應該隨著社會的發展，有所變化。由此，他對歷史上的賦稅制度的變革多持肯定態度。對秦商鞅創立的“隨田之在民者稅之” 的征賦制度，認為“後之為國者，莫不一遵其法” (《通考·自序》)。對唐楊炎兩稅法“人無丁中，以貧富為差”的規定，認為“歷代口賦，皆視矣。今有幼未成丁而成襲世資家累千金者，乃薄賦之; 又有年齒已壯而身居窮約，家無置錐者，乃厚賦之; 豈不背謬! 今兩稅之法，人無丁中，以貧富為差，尤為了當” (《通考·田賦三》)。
對宋王安石推行免役法，認為是“救時之良策”(《通考·職役二》)。馬端臨反對量出為入，認為 “雖竭天下之力以奉之，多為法以取之，只益其不足耳”(《通考市糴一》)。強調賦稅的征課以田畝為基礎，認為“賦稅必視田畝，乃古今不易之法”(《通考·田賦三》)因而反對以“丁夫”為課稅基礎，他說秦“以後遂舍地而稅人，則其謬尤甚矣”(《通考·田賦一》)。主張商品稅而反對通行稅，認為“鬻賣而有稅，理也;經過而有稅，非理也”(《通考·征榷一》)。 反對國家專賣，認為“古者帝王，其物貨取之任土所貢而有餘，未有國家而市物者也”(《通考·自序》)。但是又認為以專賣來抑制商賈牟利，增加財政收入，有合理之處。
