飛航工程師（Flight Engineer，F/E），在舊一代的大型飛機，主要在起飛前與降落後檢查飛機，並在飛行期間檢查飛機的系統，包括液壓操控、燃油消耗、機艙增壓、電力等系統。在部分軍用飛機，飛航工程師更會進行飛行前的完全檢查。基本上，飛航工程師是飛機系統專家，專責解決飛機系統的問題、提供飛行緊急情況的處理方案，並計算起飛與降落的數據。
在舊式民航機與及部分軍機上，飛航工程師坐在正副飛行員的後面，並面向側面的一排儀表。有些軍機，例如P-3獵戶式飛機與C-130H飛機，飛航工程師則坐在正副飛行員的中間。圖波列夫Tu-134更特別，飛航工程師是坐在機頭尖端。
由於飛機系統操控的電腦化與自動化，飛機上的電腦系統能自動監察飛機系統，並將故障直接向飛行員報告，目前新型的飛機已經不需要有飛航工程師，大幅節省了航空公司的人力成本。不過，一些現在還在服務中的舊型飛機，例如波音747的-100、-200、-300與-SP，還有洛克希德的L-1011三星飛機與麥道DC-10飛機，仍然需要飛航工程師隨航。
部分的航空交通機構，會對於一些同時持有飛行員執照的飛航工程師，稱呼為“第二副駕駛”（Second Officer）。
