《非同義單核苷酸變異影響蛋白質功能的預測方法研究》是葉志強為項目負責人，北京大學為依託單位的面上項目。
基本介紹
- 中文名：非同義單核苷酸變異影響蛋白質功能的預測方法研究
- 項目類別 ：面上項目
- 依託單位 ：北京大學
- 項目負責人：葉志強
科研成果 ,項目摘要,
科研成果
序號 | 標題 | 類型 | 作者 |
|---|---|---|---|
1 | WDSPdb: a database for WD40-repeat proteins | 期刊論文 | Wang, Yang(#); Hu, Xue-Jia(#); Zou, Xu-Dong; Wu, Xian-Hui; Ye, Zhi-Qiang(*); Wu, Yun-Dong(*) |
2 | Genome-wide Analysis of WD40 Protein Family in Human | 期刊論文 | Zou, Xu-Dong(#); Hu, Xue-Jia; Ma, Jing; Li, Tuan; Ye, Zhi-Qiang(*); Wu, Yun-Dong |
3 | PPI network analyses of human WD40 protein family systematically reveal their tendency to assemble complexes and facilitate the complex predictions | 期刊論文 | Zou, Xu-Dong(#); An, Ke; Wu, Yun-Dong(*); Ye, Zhi-Qiang(*) |
4 | Prokaryotic and Highly-Repetitive WD40 Proteins: A Systematic Study | 期刊論文 | Hu, Xue-Jia(#); Li, Tuan(#); Wang, Yang; Xiong, Yao; Wu, Xian-Hui; Zhang, De-Lin; Ye, Zhi-Qiang(*); Wu, Yun-Dong(*) |
項目摘要
新一代測序技術的空前發展，使得基因組變異數據迅速積累，因此從中鑑定出影響功能的變異成為一項迫切的需求。研究計算方法預測基因組變異特別是非同義單核苷酸變異（nsSNV）對蛋白質功能的影響是解決該需求的必經途徑。經過十多年的發展，該方向在預測準確率上似乎已進入平台期，在挖掘新穎預測屬性方面也缺乏大進展。本項目擬從該類方法的若干步驟進行最佳化和創新，力爭突破當前困境。具體包括：在第一步就重視對訓練數據集進行比較和優選，進而改進自動構建多序列比對的流程以提高序列屬性的質量；基於自行預測的蛋白質結構探索新穎空間屬性，以擴展該類屬性所能適用的範圍；摸索劃分訓練數據的最佳方式，用以形成若干差異性較小的子集並分別選擇屬性訓練預測模型；結合其他工具的預測分值進一步構建複合預測模型。最後將形成獨立預測工具，以供研究者從海量數據中挖掘出導致功能改變的nsSNV，進而協助解讀可能的疾病機制或藥物差異反應的機理。
