2018年12月，機構改革不再保留阿拉善盟農牧業局。
職責調整,主要職責,內設機構,人員編制,
職責調整
（一）承擔自治區下放盟市的農牧業行政審批事項，加強對下放旗區農牧業行政審批事項的指導服務和監督管理工作。
（二）加強肥料備案日常管理工作。
（三）加強水產原良種場資格認證與生產經營監督管理。
(四）承擔由商務局劃轉至農牧業局的生豬定點屠宰監管職能工作。
主要職責
（一）貫徹執行國家和自治區關於發展農牧業和農村牧區經濟發展的方針政策、法律法規，並監督實施；研究擬定全盟種植業、畜牧業、漁業、農牧業機械化、農墾、鄉鎮企業等農牧業產業和農村牧區發展規劃，並組織實施;參與制定涉農涉牧的財稅、價格、金融保險，進出口等政策和辦法。
（二）承擔完善農村牧區經營管理體制的責任，研究提出深化全盟農村牧區經濟體制改革和穩定、完善農村牧區基本經營制度的建議;扶持農牧業社會化服務體系、農村牧區合作經濟組織、農牧民專業合作社和農畜產品行業協會的建設與發展;指導農村牧區土地（草場）承包、耕地使用權流轉和承包糾紛仲裁管理;監督減輕農牧民負擔和農牧民籌資籌勞管理工作，指導農村牧區集體資產和財務管理。
（三）負責組織落實促進農畜產品生產發展的相關政策措施，指導農牧業產業結構調整和產品品質的改善，促進農畜產品有效供給和總量平衡、結構合理;會同有關部門指導最佳化農牧業區域布局，指導農牧業標準化、規模化生產;負責農牧業生產預警監測及防災減災工作。
（四）負責擬訂農牧業產業化經營的政策、規劃，並組織實施;積極推進現代農牧業發展，提升產業化水平，促進農牧民增收；指導農畜產品加工業結構調整、技術創新和服務體系建設;研究制訂大宗農畜產品市場體系建設與發展規劃;培育、保護和發展農畜產品品牌;制訂鄉鎮企業發展規劃、計畫，指導縣域經濟發展;指導鄉鎮企業職業技能開發工作。
（五）承擔農畜產品和農牧業生產資料的質量安全監管，提升農畜產品質量安全水平的責任，依法開展農畜產品質量安全風險評估，發布有關農畜產品質量安全狀況信息，負責農畜產品質量安全監測;會同有關部門組織實施國家有關農畜產品質量安全評價標準，指導農牧業檢驗檢測體系建設，依法實施符合安全標準的農畜產品認證和食用農畜產品從種植養殖環節到進入市場前的安全監督管理。
（六）組織、協調農牧業生產資料市場體系建設，依法開展農作物種子（種苗）、草種、種畜禽、農藥、獸藥、飼料、飼料添加劑的生產經營等環節的監督管理;依法負責漁船、漁機、網具的監督管理;負責獸醫醫療器械和有關肥料的監督管理;組織開展飼料資源的保護及合理開發利用工作，負責飼料產品質量安全管理工作;負責對農牧業機械產品質量的監督管理。
（七）負責農作物病蟲害和畜禽疫病的防治，落實動植物防疫檢疫有關規定，並組織實施;負責指導動植物防疫和檢疫體系建設，組織、指導和監督全盟動植物的防疫檢疫工作，負責發布疫情、組織撲滅工作;負責組織植物檢疫性有害生物普查;負責獸醫醫政、獸藥藥政和生物安全工作，負責執業獸醫的管理；負責畜禽屠宰監管工作。
（八）承擔農牧業防災減災的責任，負責監測、發布農牧業災情，組織救災物資儲備和調撥;提出生產救災資金的安排使用建議，指導緊急救災和災後生產恢復。
（九）負責管理農牧業和農村牧區經濟信息工作，負責農牧業信息體系建設;承擔監測分析農牧業和農村牧區經濟運行工作，開展農牧業統計，發布農牧業和農村牧區經濟信息，指導農牧業信息服務。
（十）負責制訂全盟農牧業科研、農牧業技術推廣的規劃、計畫和有關政策，會同有關部門組織農牧業科技創新體系和農牧業產業技術體系建設;按分工組織實施農牧業重大專項科研，組織實施農牧業領域的高新技術和套用技術研究，負責農牧業科技成果管理、轉化和技術推廣；組織引進國外農牧業先進技術，開展農牧業貿易促進和有關經濟、技術交流與合作;指導農技推廣體系改革與建設，負責農牧業新品種保護和農牧業轉基因生物安全監督管理。
（十一）組織指導農牧業教育和農牧業職業技能開發工作，參與實施農村牧區實用人才培訓工程，承擔農村牧區勞動力轉移就業培訓工作;配合有關部門依法實施農村牧區人才專業技術資格和從業資格的相關管理工作。
（十二）指導農牧業用地、漁業水域、草原、宜農宜牧灘涂、宜農宜牧濕地以及農牧業生物物種資源的保護和管理，負責水生野生動植物保護工作;擬訂耕地及基本農田質量保護措施，並指導實施，依法管理耕地質量;運用多種措施發展節水農業;會同有關部門處理重大漁事糾紛，維護漁業水域漁業權益，代表盟行政公署行使漁船檢驗和漁政漁港監督管理權。
（十三）負責實施農牧業生態建設規劃、草原生態保護和建設規劃，指導草原保護、建設和合理利用工作，指導農村牧區可再生能源綜合開發與利用;指導農牧業生物質產業發展和農牧業、農村牧區節能減排，承擔農牧業水源污染治理有關工作;指導生態農牧業、循環農牧業發展、農牧業生物質產業的指導和監督管理，促進農牧業資源合理配置和農牧業可持續發展；負責保護漁業水域生態環境。
（十四）承辦盟行政公署交辦的其他事項。
內設機構
根據上述調整，盟農牧業局內設10個科室職能職責為：
（一）辦公室
協助局領導處理機關日常工作，負責機關文電、會務、機要、檔案、信息、督查、安全、保密和信訪工作，承擔政務公開工作；擬訂機關有關規章制度並組織實施；負責管理機關和所屬事業單位的人事、勞動工資、機構編制工作；負責共性目標管理和年度考核；機關黨務工作。編制機關及局屬單位的年度部門預算；審核、匯總、編報機關及局屬單位的年度決算；管理機關財務核算及本系統各類專項資金；負責監管全系統國有資產；承辦全系統政府採購管理工作；提出扶持農牧業和農村牧區發展的財政、信貸和保險等有關政策建議；研究制定有關財務經費方面的規章制度。
（二）農畜產品質量安全監管科
承擔全盟農畜產品質量安全監督管理工作，承擔組織農畜產品質量安全風險評估、監測和信息發布工作；承擔組織、指導農牧業檢驗檢測體系建設；承擔依法實施符合安全標準的農畜產品認證和監督管理工作；擬訂全盟農牧業和農村牧區經濟信息體系、農畜產品市場體系建設規劃，並組織實施；承擔培育、保護和發展農畜產品品牌的有關工作，組織協調菜籃子工程。
（三）發展規劃科
擬訂全盟農牧業和農村牧區經濟中長期發展規劃，編制年度計畫；負責項目的編制申報和實施的跟蹤監督；制定重點農牧業項目的發展規劃及項目庫建設，負責農牧業建設項目審批、檢查、驗收工作；負責全盟農牧業資源區劃工作，引導農牧業結構調整。
（四）政策法規科
負責全盟農牧業政策法規工作，監督管理農牧業行政執法，組織、協調、指導農牧業綜合執法工作；承擔農牧業行政複議，組織行政應訴工作；指導農村牧區土地承包、耕地（草場）使用權流轉和承包糾紛仲裁管理工作；指導農牧民合作組織建設和農牧業社會化服務體系建設；組織對農村牧區經濟收支、農牧民收入與農牧民負擔情況的監測；指導監督農村牧區集體資產管理及集體經濟組織財務會計和審計工作；負責新農村新牧區建設、一村一品工作。
（五）科技教育科
承擔農牧業科技管理工作，擬訂全盟農牧業科研、科技推廣的規劃、計畫和有關政策並組織實施，指導農牧業技術推廣體系改革與建設；負責全盟農牧業人才工作；組織農牧民從業技能和農村牧區實用人才培訓，承擔農村牧區勞動力轉移就業培訓工作；承擔農牧業植物新品種保護和農牧業轉基因生物安全監督管理工作；承擔指導農村牧區可再生能源開發利用工作；指導農牧業生態環境保護工作。
（六）農業科
擬訂全盟種植業發展規劃、計畫並組織實施，指導種植業結構和布局調整工作；發布農情信息，組織抗災救災工作，組織實施農作物遺傳保護工作；承辦農業植物檢疫工作；負責農藥、種子、肥料、水產原良種場資格認證等登記和監督管理工作；協調、組織實施農業保險工作；承辦農作物重大病蟲害防治事宜；負責漁業、農墾、農機的行業管理工作；負責農牧業機械設備設施的推廣、鑑定及管理工作。
（七）畜牧科
擬訂全盟畜牧業發展規劃並組織實施，指導畜牧業結構和布局調整工作；負責畜禽良種繁育體系建設，負責畜禽遺傳資源保護與開發利用；組織實施養殖業重大技術推廣項目；負責種畜禽生產經營使用的管理、種畜禽進出口管理工作；指導畜禽改良工作、種畜禽生產建設和種畜禽場管理工作；指導畜牧業防災減災工作；負責畜牧業統計工作；承擔奶業監督管理工作。
（八）草原科
擬訂全盟草原資源保護、建設與合理利用的政策、規劃和計畫並組織實施；負責草原監理和草原執法工作；組織實施草原生態監測和普查；負責草原征占用相關事項的審核審批；組織實施草原鼠蟲害防治工作；負責編制草原防火規劃，負責草原防火日常工作；負責組織、實施天然草原退牧還草工程、草原生態保護補助獎勵機制等生態項目；擬訂全盟飼草料行業發展規劃、計畫並組織實施；負責飼草料產品質量安全管理工作，管理飼草料行業經濟、技術信息工作。
（九）產業科
承擔農牧業貿易促進和有關經濟、技術交流與合作；擬訂鄉鎮企業發展的政策措施並組織實施；擬定農牧區二、三產業發展政策、規劃並組織實施；承擔鄉鎮企業統計工作，指導鄉鎮企業職業技能開發工作；擬訂全盟農牧業產業化發展規劃並組織實施；負責農牧業產業化龍頭企業的巨觀管理和指導；指導農牧業產業化利益聯結機制的建設工作；負責全盟農牧業產業化統計、調查和監測分析工作。
（十）獸醫科
擬訂全盟動物疫病防控和檢疫規劃、計畫並組織實施；負責全盟重大動物疫病控制和撲滅工作；負責動物產品衛生質量安全監督管理和動物標識及疫病可追溯體系建設；負責獸醫醫政、藥政行業管理工作，依法承擔獸藥和器械經營和使用的管理；制定獸醫管理體系和隊伍建設發展規劃，並組織實施；負責執業獸醫的管理和培訓工作；負責獸醫生物安全管理；負責畜禽屠宰監管工作。
人員編制
2014年盟農牧業局核定機關行政編制數23個，其中：處級編制數5個（局長1人、副局長4人）、科級編制數12個（正職10人、副職2人），另核定工勤編制數4個。
