鐵路貨物運輸違約金可分為捏報貨物品名違約金，整車、貨櫃貨物裝載超重違約金，未完成月度運輸計畫違約金三種。違約金是由於託運人或收貨人違反了《經濟契約法》或《鐵路貨物運輸規程》影響鐵路運輸安全或使鐵路正當收入減少時，鐵路應向託運人或收貨人核收違約金。按報貨物品名違約金是指鐵路承運貨物後，發現託運人對貨物品名填寫不實，致使鐵路運費少收，按該批貨物全程正當運費的2倍核收違約金（不另被收運費差額）。整車、貨櫃貨物裝載超重違約金是指鐵路承運貨物後，發現整車貨物超過貨車規定的容許載重量，且多裝部分又超過2t，鐵路對其超過部分，除按該批貨物適用的運價率補收全程正當運費外，再核收所補運費的2倍的違約金（超過部分在2t以內，只補收正當運費不收違約金）。貨櫃貨物超過規定的容許載重量，對超過部分的計算辦法為：1t箱每10kg，5t、6t箱每50kg.lot箱、20英尺箱、40英尺箱每100kg，核收該箱所裝貨物適用的運價率5%的違約金。未完成月度運輸計畫違約金是指鐵路與託運人確定的月度運輸計畫，雙方都應遵守並組織完成，如沒有完成月度計畫規定的車數，由責任方向對方支付未完成月度運輸計畫違約金。違約金以車為計算單位。
