重組克隆篩選方法是從經過轉化、轉染或轉導處理所得的細菌群體中篩選出含有目的基因的重組體的方法。DNA體外重組的目的是要得到所需的重組克隆,因此重組克隆的篩選是至關重要的一步。篩選法可分為兩大類。一是利用遺傳學方法,藉助選擇表型的直接篩選法,其中包括插入失活法,即通過外源DNA插入到質粒載體的抗藥性基因中,使其失活來篩選重組體;噬菌斑形成篩選法,λ噬菌體載體的DNA片段較小,不能包裝成活的噬菌體顆粒而形成清晰的噬菌斑,重組體DNA由於長度加大而具有了形成噬菌斑的能力;遺傳互補法,通過外源基因在重組體中表達補償其營養缺陷的方法來篩選重組體。