轉錄組測序

轉錄組（transcriptome）廣義上指某一生理條件下，細胞內所有轉錄產物的集合，包括信使RNA、核糖體RNA、轉運RNA及非編碼RNA；狹義上指所有mRNA的集合。蛋白質是行使細胞功能的主要承擔者，蛋白質組是細胞功能和狀態的最直接描述，轉錄組成為研究基因表達的主要手段，轉錄組是連線基因組遺傳信息與生物功能的蛋白質組的必然紐帶，轉錄水平的調控是目前研究最多的，也是生物體最重要的調控方式。

基本介紹

• 中文名：轉錄組測序
• 外文名：RNA-seq
• 釋義：某生理條件下細胞所有的轉錄產物
• 所屬學科：生物學

簡介

轉錄組測序的研究對象為特定細胞在某一功能狀態下所能轉錄出來的所有RNA的總和，主要包括 mRNA和非編碼RNA 。轉錄組研究是基因功能及結構研究的基礎和出發點，通過新一代高通量測序，能夠全面快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態下的幾乎所有轉錄本序列信息，已廣泛套用於基礎研究、臨床診斷和藥物研發等領域。

轉錄組測序平台

隨著亞太地區第一台Illumina Genome Analyzer Ⅱx測序儀進入天津生物晶片，可以提供測序讀長為75*2 bp， 每次運行數據量達50-60GB。對於4-5Mb的基因組，可確保每個基因組測序量達到400Mb（100倍覆蓋），足以滿足全基因組denovo測序和SNP鑑定的需要。Solexa高通量測序平台均可對轉錄組進行測序，由於兩種平台各有其優缺點，針對不同的樣品情況，需靈活選用。Illumina測序技術的優點是單次測序獲得的數據量大，能夠得到更高的覆蓋率，檢測到更多低豐度的轉錄本，在已知基因組序列物種的轉錄組分析中更具優勢。

Roche 454測序技術的優點是單序列讀長可以達到500bp，在未知基因組序列物種的轉錄組分析中更有優勢，其較長的讀長便於拼接，能獲得更好的轉錄本數據。

Phil Latreille等利用光學圖譜研究了X. nematophila基因組，完成了基因組的組裝。OpGen公司開發了一種新型的光學圖譜技術。天津生物晶片技術責任有限公司於2012年引進國內首台基因組光學圖譜，將傳統測序技術與基因組光學圖譜，可以提供更加完美的基因測序服務。

測序產品功能

1. 獲得物種或者組織的轉錄本信息；

2. 得到轉錄本上基因的相關信息，如：基因結構，功能等；

3. 發現新的基因；

4. 基因結構最佳化；

5. 發現可變剪下；

6. 發現基因融合；

7. 基因表達差異分析。

技術路線

樣品要求：
⑴樣品純度要求： total RNA OD值應在1.8至2.2之間；電泳檢測28S:18S至少大於1.5;⑵樣品濃度： total RNA濃度不低於400ng/ul；樣品總量不低於15ug;目前最新的樣品建庫要求降低到1ug,濃度大於50ng/ul即可。

⑶請提供total RNA樣品具體濃度、體積、製備時間、溶劑名稱及物種來源。請同時附上QC數據，包括電泳膠圖、分光光度或Nanodrop儀器檢測數據。如需進行多次樣品製備，需要提供多次樣品製備所需樣品。