跨撒哈拉貿易界於北非地中海沿岸國家及西非國家之間,是條從第八世紀到十六世紀末間重要的貿易路線。7世紀以後,阿拉伯人來到北非並控制了撒哈拉商道貿易。8~11世紀為商道貿易的發展時期,11世紀中葉~16世紀末為全盛時期,此後走向低潮。跨撒哈拉貿易是靠由阿拉伯駱駝組成的商隊進行。這些駱駝在編入商隊前會事先在北非馬格里布或西非薩赫勒平原上以數個月的時間養肥。根據使用過商隊的阿拉伯商人伊本·白圖泰的說法,每個商隊平均有一千隻駱駝,有時甚至用到12,000隻。商隊的嚮導是高薪請來的柏柏爾族人,因為他們清楚撒哈拉沙漠的情況,而且在通過其他遊牧部落時可以確保商隊的安全。商隊的生存危機重重,需要倚靠團隊的和諧運作。通常因為商隊無法一次攜帶全程所需的水,擅跑的人會先被派往前方的綠洲,如此可以把水在商隊抵達綠洲前數天就運給商隊。
我們在探討商隊路線的位置以及貿易流量的興衰前必須先知道所謂跨撒哈拉貿易到底是如何存在的。危險又空曠的撒哈拉沙漠隔開了地中海世界的貿易和尼日的貿易。費爾南·布勞岱在The Perspective of the World一書指出:“在這種地區,像是跨大西洋一樣,除非說有特殊狀況,如有一定的預期利潤,才值得穿越。但與跨大西洋貿易不同的是,撒哈拉沙漠一直都有一群人以當地為基地做區域性的貿易。”
尼羅河谷附近的小型貿易路線已經存在了數千年,但是在馴化駱駝前,橫穿撒哈拉沙漠是非常困難的。一些物品和原材料在遠離它們原產地的地方被發現,這在考古學上證明了特別是在最西端,沙漠最狹窄的地方有貿易的行為。在古典文學中,也有一些貿易接觸的例子, 好比說奧達哥斯特(Aoudaghost)城的形成發展可能來自於於這些有限的貿易,但這不能證明所有在這區域的都市化都是由於這小型貿易而產生的。
這個地區最早的馴養駱駝的證據可以追溯至第三世紀。因柏柏爾人使用駱駝使得撒哈拉範圍內的貿易能變得更頻繁,但日常的貿易路線直到第七世紀 伊斯蘭教開始傳到西非才形成。發展出的貿易路線主要有兩條: 第一條路線穿越沙漠西部,從摩洛哥至尼日河灣;第二條由現代突尼西亞至查德湖區域。這些路線相對較短,而且被路途上經過的少數綠洲網路限制而難以更動。在這個區域以東,利比亞以南則是無法通過,沒有綠洲且充滿強烈沙漠風暴的區域。從尼日河灣通往埃及的路線在第十世紀因危險而被廢棄。
位於今日毛利塔尼亞南部的加納帝國伴隨著撒哈拉貿易的發展而崛起。撒哈拉貿易中主要的有金鹽貿易, 地中海貿易多鹽缺金, 而西非國家則是多金而缺鹽。奴隸貿易也很重要,因為很多非洲人被送到北面做家庭奴隸, 而西非國家買進訓練有素的奴隸軍。因這些貿易, 幾條商路被開闢出來了,最重要的可能就要數終止於西吉爾馬薩和位於現在摩洛哥的東部的Ifriqua的商路了。和其他北非城市一樣,在那裡柏柏爾商人因為和伊斯蘭教的接觸增多而促進傳教。 在第八世紀的時候, 穆斯林到了迦納, 使很多迦納很多人改信伊斯蘭教, 這很可能也造成對迦納帝國的貿易有優惠. 在約1050年, 迦納占領了奧達哥斯特城, 但在Bure附近的新金礦降低了在城內的貿易, 反而使索索人受益。索索人後來成立了馬里王國。
像加納一樣,馬里也是個穆斯林王國。在它的統治下,金鹽貿易繼續進行著。 另外,相對次要的貿易貨物是奴隸,來自南方的可樂果,玻璃珠,和來自北方作為流通貨幣的寶螺。 在馬里王國的統治下, 在尼日河岸的大城(包括 加奧和傑內)都興盛起來了,特別像廷巴克圖的財富還在歐洲出名。 在西南非大草原及森林的交界區還發展了重要的貿易中心,像是貝格霍和Bono Manso (現在的加納) 還有邦杜庫 (現在的象牙海岸)。在西方的交易路線持續擁有其重要的地位,像在現在茅利塔尼亞境內的瓦丹、瓦拉塔 和 欣蓋提成為主要的貿易中心,而在Assodé(現在阿加德茲)境內的圖瓦雷克城市則是沿著東方的交易路線發展, 而成為現在的尼日。
東部跨撒哈拉貿易路線使得地處查德湖地區長久的卡奈姆-博爾努帝國興起。這條商路並不便捷,只有當西邊有動亂的時候(比如阿蒙哈德占領期間)才發揮作用。
非洲西海岸的葡萄牙旅行者們為歐洲和西非的貿易開拓了一條新的道路。 在十六世紀初期,歐洲人已經在海岸地區牢牢紮根,對西非來說,與富裕的歐洲人做生意成為頭等重要的大事,北非在政治與經濟方面的重要性均在下降。雖然穿越撒哈拉沙漠的旅程仍然是漫長而充滿危險的,但對跨撒哈拉貿易的主要打擊是1591-1592年的摩洛哥戰爭。摩洛哥軍隊穿越撒哈拉沙漠襲擊廷巴克圖(Timbuktu)、加奧(Gao)以及其他一些重要的貿易中心。他們破壞建築和財物,並且流放市民。這場對貿易的破壞致使這些城市的重要性戲劇般的下降,最終由於仇恨導致貿易減少了相當的幅度。