財政收支內部控制制度審計是指對被審單位內部有關財政資金收支和管理、決算編制的內部控制制度是否健全有效進行的審計。審計主要內容是：（1）對一切財政收支，是否均有明確規定並有效實施的審批制度；對偏離預算和違反決算規定的行為是否有嚴格的檢查糾正制度；（2）應上繳的各種預算收入，是否有相應措施以保證按時、足額上繳；對預算支出，是否均按照規定的開支範圍、標準、程式和許可權批准後才予支用報銷，並實行預算支出的限額撥款制度；有無嚴格有效的監督檢查措施；（3）金庫出納管理制度是否健全有效；能否嚴格按照規定正確及時地辦理各級財政預算的分成留繳和庫款支撥；預算收入退庫是否嚴格按照規定審核辦理；（4）預備費和機動財力的動用，是否均按規定程式和許可權辦理；（5）是否有健全的預算外資金管理制度；預算外收入均按規定的範圍、標準收費，並均審核入帳，專戶儲存，預算外資金是否按規定的用途使用並有嚴格的審批和憑證手續度，（6）所有財政收支，是否均嚴格實行出納、會計、審核的職能分立，帳、錢、物分管的原則；財政收支及其資金活動均正確進行會計記錄；一切收支均出具或取得正式憑證，並經審核入帳；憑證存根均歸檔妥善保管；（7）是否有健全的決算報告制度，按照規定及時、正確、真實地編報決算；預算執行結果及決算均按規定程式審查核准；（8）是否實行了有效的內部審計制度，及時並經常對財政收支和資金活動進行監督審查。
