為了更好的解決蘇州市紛繁複雜的水、土環境污染問題，落實蘇州市“十三五”規劃對生態建設與環境保護要求，環境學院充分發揮自身科研優勢，大力整合行業特色資源，成立了“蘇州生態保護與可持續發展研究院”。蘇州生態保護與可持續發展研究院以蘇州環境治理過程中的重大科技問題和關鍵技術、共性技術為重點，開展套用基礎研究、套用和發展研究，為相關領域和行業提供技術支撐；培養和造就高水平的科技人才隊伍，吸引國內外優秀科技人才；面向社會實行對外開放，為國內外專家來蘇州開展科學研究提供條件；開展高層次、高水平的科技合作和交流；形成自主智慧財產權，積極推動科技成果的轉化，發展高新技術產業。建設總預算4500萬元，其中市財政撥款1500萬元，省教育廳撥款1500萬元，單位自籌配套1500萬元。
蘇州生態保護與可持續發展研究院遵循科技創新與機制創新並重的方針，依託高校、科研院所和龍頭企業，建立產學研新模式，在水污染治理與水環境質量改善、土壤污染防治與修復、生態文明建設與綠色發展等方面開展了一系列卓有成效的工作，具體包括：
（1）水污染治理與水環境質量改善
Ø 城市黑臭水體評價分級、綜合整治、效果評估；
Ø 城市污水高效低耗深度處理及氮磷營養素的綜合利用；
Ø 農村分散型污水收集處理成套技術套用；
Ø 高性能膜分離材料及裝備的研發，及其在廢水深度處理產業化套用。
（2）土壤污染防治與修復
Ø 污染場地調查與受損土壤生態系統恢復與重建；
Ø 土壤污染物控制技術及污染物遷移轉化與歸趨；
Ø 污染土壤的環境管理及風險評估；
Ø 危險廢物的收集、貯存、轉移、運輸和處理處置技術。
(3)生態文明建設與綠色發展
Ø 生態紅線區域保護與評估、生態安全防護體系構建；
Ø 城市生態基礎設施和可持續發展戰略;
Ø 針對蘇南地區特點的海綿城市規劃理念與建設模式創新；
Ø 太湖流域生態補償機制完善及重點河流上下游污染補償機制構建。
在未來，研究院將延續自身在污染控制與資源化、環境質量改善等方面綜合優勢與特色，面向國際環境學科前沿和國家戰略需求，按照套用基礎研究引領國際前沿、高新技術研究面向國家重大環境污染控制的戰略，不斷最佳化運行管理機制，研發具有自主智慧財產權的高新技術，使其成為具有國際影響力的環境科學與技術創新平台、國際合作與學術交流中心和高層次人才培養基地。
