與運輸業務無關費用支出的扣除指沿海運輸企業發生的與運輸無關的費用的具體處理方法。沿海運輸企業所發生的船舶費用通常在“運輸支出”科目中完整地進行登記，以便反映和分析其組成內容。但是，運輸船舶往往從事不屬於運輸業務的工作，這些非運輸業務的工作都有收入，但與運輸生產量無關。這些與運輸業務無關的業務歸類於企業的其他業務。
在計算運輸成本時，這些與運輸業務無關的支出，應當先從船舶費用中加以扣除，轉到“其他業務支出”科目。（1）客貨輪的旅客服務業務：客貨輪上的旅客服務業務與運輸業務無關，大部分費用可以直接計入本身的業務支出，如旅客一伙食材料、餐具、臥具、小賣部進貨等。但有些費用很難與運輸費用劃清，如旅客餐務耗用的燃料，一部分旅客服務人員的工資和職工福利費，月終應按一定的辦法從船舶費用中扣除。（2)船舶從事非運輸工作：船舶長期出租（連續一個月以上)的船舶費用，應單獨劃出，在“其他業務支出”科目核心算。但船舶短期出租、臨時徵用、援救遇難船舶所發生的船舶費用，仍在有關的船舶費用明細帳內歸集，在計算運輸成本時予以扣除，轉為其他業務支出，不另行單獨劃出。扣除方法，根據月終歸集的船舶費用印全月營運天數，求出每一營運天船舶費用，作為船舶臨時作業應分攤費用的計算根據，公式為：
每營運天船舶費用=船舶費用/船舶營運天
臨時作業應負擔船舶費用=每營運天船舶費用X臨時作業天數
