系統主要功能是PFGE圖譜分子分型線上識別和處理，提供二叉層級聚樹，MLVA、MLST字元類型的最小生成樹，SEQUENCE基因片段類型的親緣樹計算和圖形繪製，用於分析菌株之間的相關性，協助追蹤感染來源以及有效控制疫情。
基本介紹
- 中文名：PFGE脈衝場凝膠電泳分子分型識別系統
- 特點：B/S模式（瀏覽器/伺服器模式）
- 用途：PFGE脈衝場凝膠電泳圖譜分析
一、系統簡介
“PFGE脈衝場凝膠電泳分子分型識別系統”是基於國家十二五重大科技專項開發的專業軟體系統。
系統主要功能是PFGE圖譜分子分型線上識別和處理，提供二叉層級聚樹，MLVA、MLST字元類型的最小生成樹，SEQUENCE基因片段類型的親緣樹計算和圖形繪製，用於分析菌株之間的相關性，協助追蹤感染來源以及有效控制疫情。
系統結合了計算機技術、分子生物學、統計學、圖像識別技術、地理信息技術，能夠對微生物的分子分型數據進行專業處理和分析，準確識別出相似性。
系統於2015年6月通過由國家疾控中心、解放軍疾病預防控制所、軍事醫學科學院、清華大學以及國內著名醫院等單位組成的專家組驗收。專家組認為本系統在疾控行業、食品衛生行業、醫院以及科研部門均有較強的易用性和穩定性，業務邏輯清晰，功能齊全，且具自主智慧財產權，安全可控；系統申報2項發明專利，並已獲得12個軟體著作權。
二、系統解決的主要問題
1、疾控行業：送檢樣本細菌的相似性判定和帶型編碼、疾病暴發的溯源分析、疾病分布特徵分析和預警分析。在發生感染和疫情時，可以幫助業務人員儘早定位感染來源，提高疫情調查、追蹤和控制的效率。
2、醫療機構：院內感染問題、醫學研究。
3、食品檢疫：對食品中常見致病微生物進行分子分型分析、食源性疾病微生物的溯源。
4、農業和林業：家畜和動物攜帶治病菌的溯源、引發動物流行性感冒的研究和監控、動物、環境和飼養員耐藥菌的研究。
三、系統特點
1、優秀的成本控制：採用B/S模式，一次性部署即可搭建成功，在採購成本、升級成本、維護成本上，具有壓倒性優勢。
2、高效的計算能力：擁有計算功能強大的分析計算服務，可以一次性聚類1000株菌，並在15秒內完成。
3、強大的客戶端繪圖能力：客戶端提供直觀的圖形展示和良好的互動體驗，操作簡便，分析結果一目了然。
4、良好的易用性：全中文操作界面，簡單易用，確保用戶可以快速上手。
5、可靠的用戶信息安全保障：自主智慧財產權軟體，為用戶的信息安全提供可靠的保障。
6、實驗數據的積累：系統在使用過程中會積累下多樣化的實驗數據，數據積累的數量越多、年份跨度越廣，則分析結果的準確性越高。
四、系統使用效果對比
1、使用前
（1）細菌的識別定性採用傳統的物理和化學檢測，識別準確度相對差。
（2）細菌的識別分型結果，不能在相關機構中統一認可。
（3）疾病暴發、食品中毒、院內感染髮生時，不能及時應對情況，造成診斷延遲，失去了最佳的處置時機。
（4）沒有相關的分子分型數據留存，不利於醫療研究和診斷經驗數據積累。
2、使用後
（1）細菌的識別定性與國際接軌，識別準確度高。
（2）識別結果可以在不同機構之間比較，識別結果權威性高。
（3）當疾病暴發、食品中毒、院內感染髮生時，機構可以直接採集樣本，分析識別定性。
（4）能夠積累大量的細菌分子分型數據，提高機構在重大疫情中的溯源成功率，提高機構的知名度。
五、系統主要功能示例
1、PFGE指紋圖譜數據線上處理
2、二叉層級聚類樹計算和圖形繪製
3、最小生成樹計算和圖形繪製
4、親緣樹計算和圖形繪製
