肽質量指紋譜分析

肽質量指紋譜分析也稱肽指紋圖譜，是目前蛋白質組研究中鑑定蛋白較為常用的方法。

基本介紹

• 中文名：肽質量指紋譜分析
• 外文名：Peptide Mass Fingerprinting，PMF
• 又稱：肽指紋圖譜

簡介

肽質量指紋譜分析（Peptide Mass Fingerprinting，PMF），也稱肽指紋圖譜，是目前蛋白質組研究中鑑定蛋白較為常用的方法。不同的蛋白質經專一酶解後產生特定的肽段序列，採用生物質譜對肽混合物進行質量分析，結合資料庫檢索對庫中的已知蛋白質進行鑑定。

原理

由於每種蛋白質的胺基酸序列（一級結構）都不同，蛋白質被酶水解後，產生的肽片段序列也各不相同，其肽混合物質量數亦具特徵性，所以稱為指紋譜，可用於蛋白質的鑑定，即用實驗測得的蛋白質酶解肽段質量數在蛋白質資料庫中檢索，尋找具有相似肽譜的蛋白質。

常用方法

測定肽混合物質量數最有效的質譜儀是MALDI-TOF-MS（基質輔助雷射解吸電離飛行時間質譜，英文名Matrix-Assisted Laser Desorption/ Ionization Time of Flight Mass Spectrometry），靈敏度高，譜峰簡單，每個譜峰代表一種肽段。MALDI-TOF-MS分析肽混合物時，能耐受適量的緩衝劑、鹽，而且各個肽片幾乎都只產生單電荷離子，因此MALDI-TOF成為進行分析PMF的首選方法。

但是蛋白質可能存在翻譯後修飾，電泳過程中某些胺基酸會引入質量修飾，這樣在蛋白質的肽譜中就有一些質量數與理論值不符，但肽譜鑑定的好處就在於不需將全部質量數都與理論值相符。做肽譜，我們收到的樣品可以是考染的凝膠，也可以是銀染的凝膠（但顏色不要太淡了，即量不能太少），或是溶液(但要保證二級結構不能太複雜)。