肽質量指紋譜(peptide mass fingerprint,PMF) 鑑定蛋白質是蛋白質組研究較為常用的鑑定方法。蛋白質直接從雙向電泳凝膠上切下或印跡到PVDF膜上並切下，經過原位酶解得到酶解肽段，然後用質譜得到這些肽段的精確質量，即獲得了肽質量指紋圖譜。由於各種蛋白質的胺基酸序列都不同，蛋白質被酶解後，產生的肽片段序列也不同，其肽混合物質量數亦具特徵性，所以稱為指紋譜，用於蛋白質的鑑定。 實驗測得的蛋白質酶解肽段質量數在蛋白質資料庫中檢索，尋找具有相似肽指紋譜的蛋白質。PMF 鑑定的技術路線如圖。PMF鑑定的技術路線
PMF鑑定的技術路線