系統綜合評價是利用模型和各種資料，在系統方案技術評價、經濟評價和社會評價的基礎上，從系統的整體觀點出發，對方案進行整體的全面的評價。其一般程式為：首先確定系統的評價項目，即要用哪些指標和因素來衡量方案的優劣，然後逐一分析每個方案對每一評價項目的滿足程度，最後根據各方案對評價項目的滿足程度來判斷方案的整體價值，對比各種可行方案，把總體價值最大的定為最優方案。綜合評價的方法很多。常用的有優缺點列舉法、加法評分法、連乘評分法、加權評分法、技術經濟價值法、成本—效益分析法等。
由於系統是在一定環境條件下存在的，因此，所使用的價值都是相對價值。決定系統的相對價值的主要環境條件有：任務環境、自然地理環境、技術環境、需求環境、社會環境等。系統評價要確定主要評價指標，一般歸納為性能、進度、成本、可靠性、維修性、壽命、能源消耗等。為了做出有實際效果的評價，應建立這些指標的定量數值，確定對這些指標有影響的參數，以便進行調整。還應分析每一指標在特定任務下所具有的意義，並以各目標的重要程度確定評價係數。通過權衡求出系統的綜合評價值，對各種不同方案進行比較而選擇出最優方案。系統評價的方法很多，常用的方法有： 矩陣評價法、費用效益分析法、多目標系統評價法和技術再評價法等。
