第二階段為硝化,即亞硝酸根(NO2-)氧化為硝酸根(NO3-)的階段。參與這個階段活動的硝酸細菌主要有3個屬:硝酸細菌屬(Nitrobacter);硝酸刺菌屬 (Nitrospina)和硝酸球菌屬(Nitrococcus)。其中以硝酸細菌屬為主,常見的有維氏硝酸細菌(Nitrobacter winogradskyi)和活躍硝酸細菌 (N. agilis)等。
底物和產物亞硝化細菌和硝化細菌都是以NH4+或N02為唯一底物的,所以NH4+或N02的濃度是影響硝化作用的重要因素。研究表明,向土壤中加入NH4+可增加亞硝化細菌和硝化細菌的數量,從而提高硝化作用能力。但NH4濃度達到400mg kg後,反而會抑制硝化作用(Malhi and Mcgill,1982)。
高濃度NH4+抑制硝化作用的原因可能是由於pH值過高,NH3達到毒害水平(Broadbett,1957)。硝化細菌比亞硝化細菌對高濃度NH4+更敏感,因此在高濃度NH4+下易造成N02積累(Jones and Hedlin,1970)。
此外,最終產物NO3-濃度過高也會抑制亞硝化細菌和硝化細菌的活性(Painter,1977; Boon, and Laudelout,1962)。
土壤水分和通氣狀況土壤中水分與氧氣的平衡狀況對硝化細菌的活動影響較大。當土壤水分含量達到限制氧氣傳輸的臨界點之前,好氧的硝化細菌硝化能力隨含水量的增加而增強。許多研究表明,土壤含水量為田間持水量的60%左右時,硝化細菌活動最為旺盛,硝化作用進行最快(Doran et al.,1990)。從具體的土壤水分指標來看,一般最大硝化速率發生在-10~-33KPa之間(Miller and Johnson,1964; Malhi and McGill, 1982)。在0KPa,因為缺氧,硝化作用停止或速率很低。但在永久萎蔫點-1500KPa仍可發生明顯的硝化作用(Miller and Johnson,1964)。乾濕交替能夠引起氨化的突然加強,同時伴隨著硝化的倏然加強和NO3的暫時積累(Campbell and Biederbeck,1982)。
土壤溫度土壤硝化作用最適宜溫度一般在25-35℃之間(Haynes 1986)。高溫和低溫都能抑制硝化作用的進行,一般化能自養硝化作用在0-40℃都能發生;異養硝化作用可在較高的溫度下進行,在溫度大於40℃甚至到50-60℃時還可存在異養硝化作用(Focht and Verstraete,1977)。
化感作用化感作用是指一種生物通過分泌化學物質而對其周圍生物的活動產生影響。一些實驗證明,硝化作用受植物根系分泌物的影響,一般表現為抑制作用(Moore and Waid,1971;Kholdebarin,1994)。