典型的瘧疾多呈周期性發作，表現為間歇性寒熱發作。一般在發作時先有明顯的寒戰，全身發抖，面色蒼白，口唇發紺，寒戰持續約10分鐘至2小時，接著體溫迅速上升，常達40℃或更高，面色潮紅，皮膚乾熱，煩躁不安，高熱持續約2～6小時後，全身大汗淋漓，大汗後體溫降至正常或正常以下。經過一段間歇期後，又開始重複上述間歇性定時寒戰、高熱發作。
四種人體瘧疾典型的臨床發作大體相似，可分為前驅期、發冷（寒戰）期、出汗期和間歇期.每個時期的症狀各有特點，分別如下：
前驅期：患者有疲乏、頭疼、不適、厭食、畏寒和低熱。此期鏡檢多為陰性。發冷期或寒戰期：持續數分鐘至1小時，常伴頭痛、噁心和嘔吐。此時體溫多已超過38℃。鏡檢瘧原蟲時，大部分為裂殖體和環狀體。
發熱期：一般持續3~4小時，頭痛加劇，體溫高者可超過40℃。多次復發的病人，可只定時出現微寒和低熱，或頭暈、頭痛，肌肉關節酸痛和三叉神經痛而無明顯的高熱。所見的原蟲以小滋養體為主。
出汗期： 可微汗至大汗淋漓。在此期內體溫迅速恢復正常，上述各種症狀逐漸消失。
間歇期：系指前後兩次發作的間隔時間。時間長短取決於蟲種和免疫力。惡性瘧病例很不規則，短僅數小時，長達24~48小時；間日瘧為48小時。鏡檢所見原蟲間日瘧以大滋養體為主，惡性瘧可能在此期查不到瘧原蟲或查到個別環狀體。
