甲醛變性電泳是用溴化乙錠等螢光染料示蹤的核酸電泳結果可用於判定核酸的純度。
原理,材料、試劑和儀器,實驗程式,
原理
由於DNA分子較RNA分子大許多，電泳遷移率低；而RNA中以rRNA最多，占到80%~85%，tRNA及核內小分子RNA占15%~20%，mRNA占1%~5%。故總RNA電泳後可呈現特徵性的三條帶。在原核生物為明顯可見的23S、16S的rRNA條帶及由5S的rRNA及由5S、5.8S的rRNA和tRNA構成的條帶。mRNA因量少且分子大小不一，一般是看不見的。故可通過分析以溴化乙錠為示蹤染料的核酸凝膠電泳結果。
材料、試劑和儀器
1. 材料：植物總RNA 5-10 μg
2. 試劑
（1）加樣運載緩衝液（Loading buffer）
50% 甘油
1 mmol/L EDTA （pH8.0）
0.25%溴酚藍
25%二甲苯氰FF
（2）10×TAE Buffer
（3）5×甲醛凝膠電泳緩衝液：
0.1 mol/L MOPs （pH7.0）
40 mmol/L乙酸鈉
5 mmol/L DETA（pH8.0）
（4）甲醛，甲醯胺
3. 儀器：電泳裝置，紫外透射觀測儀
實驗程式
1. 甲醛變性的瓊脂糖（Agarose） 凝膠的配製
在250 mL的錐形瓶中準確稱量2 g Agarose （Sigama），再加20 mL 10×TAE Buffer，144 mLDEPC處理過的雙蒸水，微波爐中化膠，待冷卻至50-60℃加EB至終濃度≤0.5 μg/mL。在通風櫥中加入36 mL甲醛，放置一段時間以減少甲醛蒸汽。
2. RNA的甲醛變性電泳
（1） 樣品製備
RNA總量：10 μg
5×甲醛凝膠電泳緩衝液：4 μl
甲醛： 3.5 μl
甲醯胺：10 μl
加入無菌離心管中混合，95℃水浴變性2 min（或55℃，15 min），取出後放入冰中冷卻。
（2） 加入2 μl無菌的DEPC處理的加樣運載液。（使用加樣運載液的目的有三： 增大樣品密度，以確保DNA均勻進入樣品孔內；使樣品呈現顏色，便於加樣操作；能明確顯現樣品在電泳膠上的泳動位置。以 0.5 X TBE作電泳液時，溴苯酚在瓊脂糖中的泳動速率與長 300 bp 的雙鏈線狀DNA相同，而二甲苯氰FF 的泳動速率與長4 kb 的雙鏈線狀DNA相同。)
（3）將膠板浸沒在1×甲醛凝膠電泳緩衝液中，點樣前5 V/cm預跑5 min。點樣後3-4 V/cm電泳。
（4）電泳結束後（溴苯酚藍遷移到約8 cm處），紫外燈下觀察， 照相。
