玉樹州煙瘴掛峽特有魚類國家級水產種質資源保護區總面積為2177公頃，其中核心區面積為1121公頃,實驗區面積為1056公頃。特別保護期為每年4月1日至6月30日。保護區位於青海省玉樹州治多縣通天河與當曲匯合處（92°54′57″E，34°05′23″N）至曲麻萊縣楚瑪爾河與通天河匯合處（94°55′43″E，34°40′14″N）。核心區範圍起於通天河與當曲交匯處（92°54′57″E，34°05′23″N），終於曲麻萊縣楚瑪爾河與通天河交匯處（94°55′43″E，34°40′14″N），全長280km。實驗區有三處，河流全長377.1km：一是莫曲段，範圍從莫曲源頭（94°02′03″E，33°43′49″N）至莫曲流入通天河的交匯岔口處（93°41′33″E，34°11′51″N），全長146km；二是牙曲段，範圍從牙曲源頭（94°10′07″E，34°14′47″N）至牙曲流入通天河的交匯岔口處（93°54′41″E，34°23′44″N），全長111.9km；三是口前曲段，範圍從口前曲源頭(94°43′31″E，33°55′15″N)至口前曲匯入通天河岔口處（94°27′46″E，34°40′31″N），全長119.2km。保護區主要保護對象為長絲裂腹魚、裸腹葉須魚、前腹裸裂尻魚。
