2004年至2008年期間,實驗室圍繞優勢研究領域在國內外發表學術論文368篇,SCI檢索論文169篇,出版著作17冊(其中9本為參與編寫的專著和外文書刊),獲省部級獎4項(一等獎2項,二等獎2項),其中王東曉、王啟、蔡樹群、方國洪、李榮鳳、甘子鈞、齊義泉等,完成的科研項目“熱帶海洋變率及其氣候效應”獲2007年廣東省科學技術獎一等獎。黃良民、錢培元、王文雄、黃小平、唐丹玲等完成的項目“南海區域海洋生物種群多樣性與生產機制”獲2008年度廣東省科學技術獎一等獎。王東曉、袁叔堯參加“我國新一代海洋實時觀測系統(ARGO)—大洋觀測網試驗”項目獲2007年度國家海洋局海洋科技創新成果二等獎。黃小平、陳清潮、王華節、黃良民、陳楚群、張喬民等,完成的科研項目“珠江口海域污染防治與生態保護技術研究”獲2005年廣東省科學技術獎二等獎。 在熱帶海洋年際變率與南海氣候、南海環流系統主要動力過程的特徵和演變機理、熱帶海洋動力過程的生態效應與華南近海環境、南海典型海域生態過程與環境效應和南海區域套用海洋學領域取得一批有重要影響和創新意義的研究成果,這些成果豐富和發展了熱帶區域海洋學理論體系,而且有效地解決了南海海洋環境觀測與分析預測的關鍵科學技術問題,為提升我國在熱帶區域海洋科學研究領域的國際學術地位,優先部署深海海洋研究方向和力量,為國家全面經略南海、開拓深海研究作出了應有的貢獻。 實驗室人員在氣候變化與預測計畫CLIVAR等10個國際學術組織中任職,實驗室人員分別任<< Aquatic Ecosystem Health and Management>>、<< J. Atmos. Ocean Sci. >>、<、<< Geomatics, Natural Hazards and Risk >>、<< Advance in Space Research>>等多個國外刊物編委。 2011年,在實驗室全體員工的努力下,終於成功申請升級為國家重點實驗室。