1877年,
英國國教會派遣宣教會至此。1879年2月,法國白衣神父會傳教士繼英國傳教士之後至烏干達;次年,為第一批天主教徒舉行
洗禮。儘管傳教組織之間有競爭,但早期傳教受到穆太撒(Mutesa)國王的歡迎。1885年,英、法爭奪烏干達,天主教會組織天主教黨。其時的國王姆旺加把謀反的天主教徒和新教教徒槍殺,傳教士遭到鎮壓,1885—1887年,有40位基督徒殉道。1894年烏干達成為英國“保護國”前,傳教士被驅逐;此後,白衣神父會將其一半地盤分給英國天主教組織“密爾希爾神父會"管轄。1900年分割烏干達土地時,白衣神父會分得35平方英里,“密爾希爾神父會”分得17平方英里。1908年,白衣神父會在盧巴加為當地酋長子弟開辦首所學校。1911年,天主教會出版《友人報》,在醫院衛生服務方面做了一些工作。1962年擺脫英國獨立。烏干達天主教在首都
坎帕拉設立大主教區,出版《非洲教會評論》雜誌。1877年,英國“非洲與東方行教會”首批傳教士至烏干達,1878年和1879年,相繼派兩批傳教士至烏干達。1882年,新教傳教會接受第一批當地信徒,出版翻譯成烏干達語的《新約》。1885年,英國聖公會(“非洲與東方行教會”屬於聖公會)派去擔任赤道東非的第一任主教漢寧頓被當地人殺死。英國占領烏干達後,英國聖公會分得土地最多,達40平方英里。此後有其他新教傳教團至烏干達傳教。新教以聖公會教徒最多,烏干達聖公會有會眾858萬,會堂432座,屬烏干達、
盧安達、
蒲隆地和埔邦加(
薩伊)大主教教區,總部設於坎帕拉。1963年,非洲教會會議在坎帕拉舉行首屆會議。烏干達以迅速發展本地的羅馬天主教和聖公會神職人員著稱。1933年,全部的
宗座代牧區馬撒卡(Masaka)交給非洲
司鐸管理,由首位非洲羅馬天主教主教管轄。在
阿明(Amins)總統當政時,曾相繼下令取締許多新教傳教會,只有英國聖公會得到認可。阿明政權垮台後,實行宗教信仰自由政策,新教教會開始重新活動。