測序片段（reads）是2018年公布的生物物理學名詞。
基本介紹
- 中文名：測序片段
- 外文名：reads
- 所屬學科：生物物理學
- 公布時間：2018年
定義,出處,
定義
高通量測序技術產生的短核苷酸序列。常為幾十到數百個鹼基。
出處
《生物物理學名詞》第二版。
測序片段
相關詞條
- 測序片段
測序片段（reads）是2018年公布的生物物理學名詞。定義高通量測序技術產生的短核苷酸序列。常為幾十到數百個鹼基。出處《生物物理學名詞》第二版。1...
- 基於多參考基因組的高通量測序片段映射方法研究
《基於多參考基因組的高通量測序片段映射方法研究》是依託哈爾濱工業大學，由劉博擔任項目負責人的青年科學基金項目。項目摘要 隨著新一代基因組測序技術的發展，測序成本逐漸降低，未來新生兒一出生即可接受測序服務，個人基因組數量將出現爆發性增長。這為生物信息學和算法科學提出了新的挑戰，即如何以多個個人基因組為...
- 高通量DNA測序片段的拼接
《高通量DNA測序片段的拼接》是依託東南大學，由陸祖宏擔任項目負責人的面上項目。中文摘要 伴隨新一代高通量低成本測序技術的發展，其生成的超大通量短測序片段拼接技術成為目前測序生物信息學研究的最前沿熱點問題。在本申請書中，我們首次提出了基於色域空間（color space）編碼技術的超大通量短序列拼接技術思路和技術...
- DNA測序
DNA測序（DNA sequencing，或譯DNA定序）是指分析特定DNA片段的鹼基序列，也就是腺嘌呤（A）、胸腺嘧啶（T）、胞嘧啶（C）與鳥嘌呤（G）的排列方式。快速的DNA測序方法的出現極大地推動了生物學和醫學的研究和發現。在基礎生物學研究中，和在眾多的套用領域，如診斷，生物技術，法醫生物學，生物系統學中，DNA序列...
- DNA測序技術
這標誌著我國在第二代DNA測序儀研發方面，形成了具有自主智慧財產權的高通量DNA測序技術及其系統樣機。日前，驗收組對該項目進行了測試和驗收考核。驗收組認為，此項目完成了儀器研製項目實施方案所要求的各項技術指標，有效測序片段數量、平均讀長和有效序列數據總產量等關鍵技術性能指標遠遠優於立項指標，該成果實現了與...
- 單分子測序
Helicos Biosciences 是第一個設計開發單分子測序方法( tSMSTM) 技術平台的公司，其基礎主要來自於Braslavsky 等人的研究。主要是利用合成測序理論，測序時首先將待測序列打斷成小片段並在3'末端加上polyA ，並用末端轉移酶阻斷，同時在玻璃晶片上隨機固定多個polyT引物( 其末端皆帶有螢光標記) ，將小片段DNA 模板與...
- 第二代DNA測序技術
基於該原理的最新測序平台是於2010年末推出的5500xl，已是第五代產品。①首先製備 DNA 文庫。SOLiD 技術支持兩種測序文庫，分別是片段文庫(fragment library)和配對末端文庫(mate-paired library)。將待測的DNA分子打斷，並在兩端加上接頭，則可組成片段文庫。而配對末端文庫則是先把DNA分子打斷，在中間加入 EcoP15 ...
- DNA測序法
DNA測序法是指分析特定DNA片段的鹼基序列，也就是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)與鳥嘌呤(G)的排列方式。快速的DNA測序法的出現極大地推動了生物學和醫學的研究和發現。在基礎生物學研究中，和在眾多的套用領域，如診斷，生物技術，法醫生物學，生物系統學中，DNA序列知識已成為不可缺少的知識。其中生成互相...
- 高通量測序
Roche 454焦磷酸測序 （pyrophosphate sequencing）該技術將固化引物的微球與單鏈DNA 相結合，構建DNA 模板文庫，利用微乳滴PCR 來生成擴增產物。經過多輪循環，每個微球表面都結合了大量相同的DNA 片段。富集微球並轉移到帶有規則微孔陣列的微孔板上，每個微孔只能容納1 個微球。微孔板的其中一面可以進行測序反應，另一...
- 甲基化測序
甲基化測序是基因學術語，對甲基化片段進行測序，靈活度高能夠直接對任意物種。技術優勢 1.靈活度高能夠直接對任意物種的高甲基化片段進行測序無需已知的基因組序列信息。2.檢測範圍廣覆蓋整個基因組範圍的甲基化區域。3.精確度高能夠在實際結合位點50個鹼基範圍內精確定位。4.數位化信號直接對甲基化片段進行測序和...
- 全基因組測序
提取基因組DNA，然後隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接頭, 進行DNA簇（Cluster）製備，最後利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進行測序。然後對測得的序列組裝成Contig，通過Paired-End的距離可進一步組裝成Scaffold，進而可組裝成染色體等。組裝效果與測序深度與...
- 長片段高通量測序系統
長片段高通量測序系統是一種用於生物學領域的分析儀器，於2016年7月12日啟用。技術指標 1高數據通量：每次反應可生成15G鹼基數據； 2每次運行至少可生成單端25M、雙端50M reads； 3可以在8小時內完成樣品製備、測序和數據分析，用於快速鑑定； 4數據讀長：單端或者雙端讀長可達到300bp； 5樣品用量：DNA樣本需1ug...
- 測序分析
霰彈法是一個高度計算機化的方法，它是先把基因組隨機分成已知長度(2000個鹼基對、1萬個鹼基對、5萬個鹼基對)的片段，然後用數學算法將這些片段組裝成毗鄰的大段並確定它們在基因組上的正確位置。由公共經費支持的人類基因組工程則採用另一種方法，即先複製更大段的人類基因序列，然後將它們繪製到基因組的適當區域...
- 微測序技術
常用的微測序方法有 Sanger反應測序法、酶解質譜法、質譜裂 解測序法、晶片雜交法、焦磷酸測序法和 SNaPshot。Sanger反應測序法是將Sanger測序反應產物用質譜檢測，通過檢測延伸產 物的質量進行測序。酶解法是用特異性酶切 割DNA的鹼基，然後檢測酶切後的DNA 片段質量，推測被切掉的鹼基。質譜裂解法是通過MALDI在離子...
- 基因測序
據介紹，該批產品可通過對孕周12周以上的“高危孕婦”外周血血漿中的游離基因片段進行基因測序，對部分胎兒染色體異常進行無創產前檢查和輔助診斷。發展狀況 國外 美國由多個財團共同投資組建的某生物高科技產業公司，一直專注於生物高科技領域的研發與服務。集團擁有非常雄厚的實力，同時在全美涉足多個領域的發展。其中一...
- small RNA測序
(6) 文庫的檢測。Small RNA文庫需要通過電泳檢測和Agilent Technoligies 2100 分析儀檢測以分析測序文庫中片段的大小、純度和濃度。四、高通量測序研究sRNA 優勢 目前研究Small RNA的方法主要是通過實時定量PCR以及基因晶片技術，這些方法主要關注microRNA的表達和定量，並僅局限與研究那些序列信息或二級莖環結構信息已知...
- 轉錄組測序
該技術利用新一代高通量測序平台對基因組cDNA測序，通過統計相關Reads（用於測序的cDNA小片段）數計算出不同mRNA的表達量，分析轉錄本的結構和表達水平，同時發現未知轉錄本和稀有轉錄本，精確地識別可變剪下位點以及編碼序列單核苷酸多態性，提供最全面的轉錄組信息。轉錄組測序技術流程主要包括樣品製備、文庫構建、DNA成簇...
- 片段分析
與直接測序相比：某一個基因位點是比較容易得知的，但要獲得一段完整的基因序列就很困難，若是得不到就無法進行直接序列比較。而如果標記離基因位點很近，那么可以通過標記分析推斷出突變基因的存在。標記分析要比直接基因測序快很多。FA相關套用介紹 (a) 臨床方面 i. 病原微生物 片段分析能夠準確、快速地檢測出致病...
- 三合一測序
Solexa測序性價比較高，雖然難以用於denovo測序，卻可以通過粘帖的方式迅速提高基因組區域的覆蓋倍數，以得到準確的鹼基信息。同時，使用雙末端測序的Solexa序列可以為拼接得到的基因組片段提供進一步拼接所需的定位信息，簡化後續的Gap filling工作。454和Solexa作為新一代的測序技術，在鹼基準確性上均有一定的不足。454...
- 基因組高通量測序
測序方案建立在雙脫氧測序法(Sanger等，1977)的基礎上。為了從每一克隆插入片段兩端成對地進行測序，每一個質粒模板DNA板應配備兩個384孔循環測序反應板。測序反應採用Big Dye Terminator chemistry version 3．1(AppliedBiosystems)和標準M13或常用正向引物和反向引物。測序反應通過BiomekFX(Beckman)移液操作工作站建立。...
- DNA自動化測序
DNA自動化測序 DNA自動化測序是一種方法。DNA自動化測序包括分析反應和讀片過程兩個方面。計算機根據DNA片段中重疊部分排出完整的DNA序列，並將限制位點、啟動子、起始密碼、終止密碼等搜尋出來。
- 單細胞基因組測序
從方法學角度來看，獲得高覆蓋率高保真性的全基因組擴增產物是準確全面的測序結果的保障。多重置換擴增(multiple displacement amplification，MDA)利用隨機引物和等溫擴增可以獲得高保真的DNA大片段，但該方法的主要缺陷在於非平衡的基因組覆蓋率、擴增偏倚、嵌合序列及非特異擴增等。儘管各種改進的策略正在逐步減少這些缺陷...
- 降解組測序
降解組測序：Degradome sequencing，主要針對miRNA介導的剪下降解片段進行測序，從實驗中篩選miRNA作用的靶基因，並結合生物信息學分析優勢，確定降解片段與miRNA精確的配對信息。原理 靶基因經剪下產生二個片段，5’ 剪下片段和3’ 剪下片段。其中3’ 剪下片段，包含有自由的5’ 單磷酸和3’ polyA尾巴，可被RNA連線酶...
- 全基因組重測序
提取基因組DNA，利用Covaris進行隨機打斷，電泳回收所需長度的DNA片段（0.2~5Kb），加上接頭, 進行cluster製備 （Solexa）或E-PCR （SOLiD），最後利用Paired-End（Solexa）或者Mate-Pair（SOLiD）的方法對插入片段進行重測序。圖1-1，以SOLiD為例，說明整個實驗方案。雙末端（Paired-End）測序原理 測序深度（...
- PCR直接測序法
PCR產物測序常採用循環測序法：在PCR 反應體系中同時將ddNTP 加入，並利用核素或螢光素標記的引物引導擴增，使模板的擴增與測序同時進行。套用PCR 測序有以下優點:模板需要量小; 方法簡便，易自動化;測序效率高。PCR直接測序是指對PCR產物直接進行序列分析，而不是先將DNA待測片段克隆於測序載體上，大大的簡化操作步驟...
- 終止法測序
終止法測序是一種常用的DNA測序方法。1977年，Sanger對DNA的酶法測序技術做出了重要改進，在此基礎上提出了“終止法”，其反應體系包含單鏈模板、引物、4中dNTP和DNA聚合酶。共分四組，每組按一定比例加入一種2，3’雙脫氧核苷三磷酸，它能隨機滲入合成的DNA鏈，一旦滲入DNA合成即終止，於是各種大小不同片段的末端...
- 羅氏454測序系統
測序流程 1. 樣品種類：GS FLX系統支持各種不同來源的樣品序列測定，包括基因組DNA，PCR產物，BACs，cDNA及小分子RNA等，不同類型的樣品測序都可在一台儀器上完成。2. 樣品DNA打斷：樣品如基因組DNA或BAC等被打斷成300到800bp的片段；對於小分子的非編碼RNA，這一步驟並不需要。短的PCR產物則可利用GS融合引物...
- 從頭測序
酶促測序反應中利用一個與模板鏈特定序列互補的合成寡核苷酸作為DNA合成的引物。在許多情況下，可將靶DNA片段克隆於M13噬菌體或噬菌粒載體，以取得單鏈DNA分子作為模板。但也可以採用Sanger法商定變性雙鏈DNA模板的序列。在以上兩種情況下，都可以採用能與位於靶DNA側翼的載體序列相退火的通用引物，而不必取得與未知DNA...
- RNA-seq
random hexamers)合成cDNA第一鏈，並加入緩衝液、dNTPs、RNase H 和DNA polymerase I 合成cDNA第二鏈，經過QiaQuick PCR試劑盒純化並加 EB緩衝液洗脫經末端修復、加鹼基A，加測序接頭，再經瓊脂糖凝膠電泳回收目的大小片段，並進行PCR擴增，從而完成整個文庫製備工作，構建好的文庫用Illumina HiSeq2000進行測序。
- CHIP-seq
將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術，能夠高效地在全基因組範圍內檢測與組蛋白、轉錄因子等互作的DNA區段。ChIP-Seq的原理是：首先通過染色質免疫共沉澱技術（ChIP）特異性地富集目的蛋白結合的DNA片段，並對其進行純化與文庫構建；然後對富集得到的DNA片段進行高通量測序。研究人員通過將獲得的數百萬條序列...
