三合一測序

三合一測序，出自TBC公司，測序類型ABI 3730。

基本介紹

• 中文名：三合一測序
• 出自：TBC公司
• 測序類型：ABI 3730

概念

TBC公司自2003年成立以來，一直致力於微生物、植物、動物等方面測序研究，現已完成近50個全基因組測序和生物信息學分析，研究成果發表於Nature、PNAS、Molecular Microbiology、Journal of Bacteriology、PLoS ONE等國際權威刊物。由此奠定了TBC在基因組學、功能基因組學領域內權威專家的領頭地位

經過多年的實驗研究，在使用ABI3730、Roche454、Illumina solexa進行測序服務的過程中積累的大量經驗，基於對各種測序方法優劣勢的總結，現推出ABI 3730+Roche 454+Illumina Solexa全基因組測序三合一最優解決方案！

測序流程

Roche 454測序由於其較高的讀長和測序質量，可以很方便的進行de novo的基因組框架構建，但由於其性價比較低，我們建議僅進行de novo拼接所必需數量的454測序。對於4-5Mb的常見原核基因組而言，大約需要80-100Mb的454測序結果以完成基因組的初步拼接。Solexa測序性價比較高，雖然難以用於denovo測序，卻可以通過粘帖的方式迅速提高基因組區域的覆蓋倍數，以得到準確的鹼基信息。同時，使用雙末端測序的Solexa序列可以為拼接得到的基因組片段提供進一步拼接所需的定位信息，簡化後續的Gap filling工作。

454和Solexa作為新一代的測序技術，在鹼基準確性上均有一定的不足。454測序技術由於使用焦磷酸測序技術，連續單鹼基重複區域的測序質量很差，常常會引入單鹼基的缺失或者插入。而Solexa測序技術由於四種鹼基螢光信號的不平衡，會出現AT分離和基因組某些位點的特定測序錯誤。由於兩種測序方法在原理和操作上均不相同，將兩者合用，相互比較結果，可以避免各自的測序系統性錯誤，從而大大提高基因組測序的準確性。

ABI 3730作為傳統測序方法，有其獨特的優勢，由於其序列讀長最長，準確度最高，單位樣本費用最低，是進行PCR測序的唯一選擇。當使用新一代測序系統完成大規模測序後，基因組通常都還會留有一些未能覆蓋到、鹼基質量差或者重複的序列，使基因組無法完整呈現，因此，可以利用ABI 3730的優勢，使用ABI 3730測序進行基因組Finish工作，可以在1-2個月內得到最佳測序結果。

三種測序比較

測序名稱	優勢	劣勢
ABI 3730	讀長最長	周期較長、需較大的人力物力、價格昂貴
Roche 454	讀長較長	性價比較低； 連續單鹼基重複區容易發生鹼基移碼錯誤
Illumina solexa	通量最高，價格最低，鹼基錯誤率1.5%	讀長最短

TBC服務承諾

1.454測序平均讀長承諾350bp，提供10倍以上的測序結果；GA IIx Solexa測序平均讀長承諾50bp，提供80倍以上的測序結果。

2. 全基因組精細圖達到全基因組少於100個Contigs，基因組覆蓋度大於95%，基因區覆蓋度達98%以上，單鹼基錯誤率低於十萬分之一。

3. 完成圖得到完整全基因組序列，無片段錯拼和遺漏，單鹼基錯誤率低於十萬分之一。

4. 提供超高通量，高效率，高重複性，高準確率，低成本，完備的生物信息學分析。