海南省港航管理局隸屬省交通運輸廳，是參照公務員法管理的正處級財政預算管理單位，主要履行我省省級港口、航運、航道航標行政管理職能。
海南省港航管理局內設辦公室、人事教育科、規劃財務科、港口管理科、航運管理科、航道航標科、安全監督科（規費徵收科）和政策法規科8個科級機構。其主要職責有：
貫徹執行有關港口、航道、水路運輸、水運工程、規費征稽等方面的法律、法規和規章；負責編制港口總體規劃；負責對港口公用基礎設施（進出口航道、防波堤、錨地、集疏運通道等）的建設、維護和管理工作；負責對從事港口經營的單位和個人的經營資格審批或者審核上報等項工作；負責對使用非深水岸線的審批；依法實施有關占用航道的審批職責；負責對港口、水路運輸的經營秩序、安全生產、環境保護實施行業管理，進行監督檢查；劃定港區內危險貨物作業泊位、庫場的區域範圍，並實施監督；負責協調國家重點物資、軍事物資以及搶險救災物資的的運輸工作；負責港口及水路運輸的招商引資工作；負責港口、航道、水路運輸、水運工程、規費征稽等方面的信息匯總、統計和管理上報工作；對違反港口管理的違法行為依法實施行政處罰，並受省廳的委託對航道違法行為、水路運輸違法行為實施行政處罰；對市縣港航管理機構進行行業指導和監督；指導全省港航系統精神文明建設及行業協會工作；對各市縣鄉鎮渡口渡船的管理進行監督，指導和督促各市縣規範渡口渡船安全管理工作；參與省政府組織的水上運輸（含渡運）重特大事故的有關應急處理和有關調查工作；承辦省廳交辦的其他工作。下屬機構有海口航道所、三亞航道所、儋州航道所、瓊海航道所、鋪前航道所、清瀾航道所、萬寧航道所、金牌航道所、航道疏浚工程隊、測量隊10個事業單位。
