天文年間，日蓮宗（法華宗）在京都以六條本圀寺等寺院為中心，獲得大半町眾的信仰，擁有極強大的勢力。1532年（天文元年），當時支配京都的是管領細川晴元，和細川晴元對立的一向宗徒入洛的傳言傳入京都，因此日蓮宗町眾和細川晴元・茨木長隆等人連手攻擊一向宗寺院，根據地山科本願寺也被燒毀。此後約5年間，日蓮宗門徒在京都的勢力擴大，加深日蓮宗和比叡山的對立。
天文5年（1536年）年3月3日，比叡山西塔的僧侶・華王房和上總茂原妙光寺的信徒・松本新左衛門久吉（松本久吉）進行宗教問答，松本久吉最後在宗論擊敗華王房（松本問答）。激怒的比叡山側請求室町幕府裁定，但是，幕府以後醍醐天皇的敕許為證據判定日蓮宗勝訴，比叡山在宗論和裁判皆輸。延曆寺決議撃滅京都法華眾。
延曆寺要求京都洛中洛外的日蓮宗寺院二十一本山成為延曆寺的末寺，並支付上納金，被京都日蓮宗拒絕。延曆寺的僧兵和宗徒，加上近江大名・六角定賴的援軍，總計動員約6萬人入洛，悉數燒毀京都洛中洛外的日蓮宗寺院二十一本山，京都法華宗的許多宗徒被殺（天文法難）。
延曆寺的勢力放火導致洛中大火。此事件造成洛中的日蓮教團壊滅，宗徒被流放至洛外。以後6年間，京都的日蓮宗遭禁教。天文11年（1542年），敕許準許返回京都，之後靠町眾之力重建日蓮宗寺院十五本山。
