局限性
權責發生制會計是面向過去的會計, 難以提供未來的會計信息。權責發生制只是對已發生交易或事項進行確認, 是指
權利和責任已經發生,不是將要發生, 這些均排除了企業未來交易與事項的確認。而且, 與權責發生制相聯繫的歷史成本原則也是面向過去的, 在難以用歷史成本合理可靠加以計量的業務中, 權責發生制也難以確認, 這限制了權責發生制的確認範圍。在會計信息使用者日益關注未來現金流動信息的情況下, 權責發生制會計將難以滿足信息使用者對未來會計信息的需求。如對金融工具的會計處理, 由於金融工具只產生契約的權利或義務, 而交易或事項尚未發生, 也無法確定其歷史成本, 權責發生制會計對此無法進行確認, 並加以會計處理和報告。
新挑戰
由於受到各種因素的制約, 權責發生制對某些會計確認程式不能也不可能得到全面貫徹。企業的交易或事項進入財務會計系統並得到反映,確認是一個前提條件, 但不是唯一的條件。作為會計要素, 只有與其相關的未來經濟效益能夠流入或流出企業, 並且該要素應該有可計量的屬性來可靠計量的情況下, 它才能進入會計信息系統進行記錄和報告。權責發生制是與歷史成本相輔相成的, 若一項交易或事項不能有效地用歷史成本加以可靠地計量, 權責發生制會計也就無法對其確認。受客觀條件的限制, 在某些方面, 權責發生制無法有效地運用, 如利息收入和利息費用在理論上是隨著時間的推移而發生的, 而企業不可能每時每刻都確認增加的利息收入和發生的利息費用, 一般情況下,只有在期末才予以確認。這說明權責發生制的運用是相對的。另外, 企業出於迴避風險的考慮, 對於不符合配比原則的費用也予以確認。如當前各國會計準則中普遍運用的成本與市價孰低法中, 當市價低於歷史成本時, 常常確認持有資產的跌價損失, 這種會計處理不符合權責發生制原則, 但是這樣處理可以減少企業的經營風險, 因此大部分國家會計準則都同意這種會計處理。由於權責發生制原則不能運用或不能有效運用, 使權責發生製作為財務會計的確認基礎發生了動搖, 人們對權責發生制會計的發展趨勢提出了質疑。