替換矩陣（substitution matrix）是2018年公布的計算機科學技術名詞。
基本介紹
- 中文名：替換矩陣
- 外文名：substitution matrix
- 所屬學科：計算機科學技術
- 公布時間：2018年
定義,出處,
定義
在蛋白質或DNA序列聯配中表示從一種胺基酸（核苷）變到另一種胺基酸（核苷）的速率。PAM矩陣和BLOSUM矩陣是常用的胺基酸替換打分矩陣。
出處
《計算機科學技術名詞 》第三版。
替換矩陣
相關詞條
- 替換矩陣
替換矩陣（substitution matrix）是2018年公布的計算機科學技術名詞。定義在蛋白質或DNA序列聯配中表示從一種胺基酸（核苷）變到另一種胺基酸（核苷）的速率。PAM矩陣和BLOSUM矩陣是常用的胺基酸替換...
- 替換記分矩陣
替換記分矩陣 是一個生物信息學的概念。替換記分矩陣是反映殘基之間相互替換率的矩陣。也就是說，他描述了殘基兩兩相似的量化關係。DNA序列有DNA序列的替換記分矩陣，蛋白質序列有蛋白質序列的替換記分矩陣，兩者不可混用。定義 矩陣中行和列分別是20種胺基酸或者四種鹼基，且兩兩之間有一個分值，根據這個分值就可以...
- BLOSUM矩陣
BLOSUM矩陣（BLOSUM）是2018年全國科學技術名詞審定委員會公布的計算機科學技術名詞，出自《計算機科學技術名詞 》第三版。定義 從BLOCKS資料庫中選取具有良好保守型的蛋白家族，從中統計胺基酸發生替換的相對頻率和機率所構成的矩陣。BLOSUM-n中，n越小，表示胺基酸相似的可能性越小。相似序列比較選用n值大的矩陣，進化...
- 替換定理
的秩為r，不防設 是(2)的極大無關組，則 由上述證明可知必有m≤t，由於 線性無關，故由(4)中 的係數組成的矩陣 的秩必為m，故它一定存在一個m階子式不為0，不防設它的前m列構成的m階子式不為0，由此易知 可由 線性表示，故 與 等價，又因為是(2)的極大無關組，因此 與 等價。
- 朱迪矩陣
朱迪矩陣是一個計算機科學和軟體工程學中的名詞，是一種高性能、低記憶體消耗的數據結構，實現了關聯數組的功能。與普通數組不同，Judy array可以是稀疏的，這一點更像是散列表，而非數組。Judy array可以用整形或字元串作為鍵值來存儲、查詢數據，它最大的優勢是可動態自動擴展，高性能，節省記憶體並且易於使用。由於...
- 史密斯-沃特曼算法
該算法和尼德曼-翁施算法的主要區別在於該算法不存在負分（負分被替換為零），因此局部比對成為可能。回溯從分數最高的矩陣元素開始，直到遇到分數為零的元素停止。分數最高的局部比對結果在此過程中產生。在實際運用中，人們通常使用該算法的最佳化版本。歷史 生物學上一個基本問題是，一個基因或者蛋白是否和別的基因...
- playfair密碼
Playfair解密算法首先將密鑰填寫在一個5*5的矩陣中（去Q留Z），矩陣中其它未用到的字母按順序填在矩陣剩餘位置中，根據替換矩陣由密文得到明文。對密文解密規則如下：1 若c1 c2在同一行，對應明文p1 p2分別是緊靠c1 c2 左端的字母。其中最後一列被看做是第一列的左方。2 若c1 c2在同一列，對應明文p1 p2分別...
- glRotated
和 glEnd 的相應調用之間被調用該函式。其他信息 glRotated 函式來計算一個矩陣，通過點（x、 y、 z） 來源從執行的 角度 度有關向量的逆時針旋轉。當前矩陣 （請參見 glMatrixMode） 乘以此旋轉矩陣，替換當前矩陣的產品。 那就是如果 M 是當前矩陣並且 R 是所乘的旋轉矩陣，然後 M 將被替換為 M·R。
- VC++和BC++數值分析類庫
第3章矩陣與向量的關聯操作 3.1矩陣添加和插入指定的行、列 3.1.1矩陣添加指定行 3.1.2矩陣添加指定列 3.1.3矩陣插入指定行 3.1.4矩陣插入指定列 3.2矩陣行、列的設定與提取 3.2.1替換矩陣的一行 3.2.2替換矩陣的一列 3.2.3提取矩陣的一行 3.2.4提取矩陣的一列 3.3矩陣與向量相乘 3.3.1...
- 非奇異線性變換
非奇異線性變換(nonsingular linear transfor-mation)是一類重要的線性變換。設V是域P上的線性空間，σ∈HomP(V，V)，若存在λ∈HomP(V，V)，使λσ=E(單位線性變換)，則稱σ為非奇異線性變換；否則，稱為奇異線性變換。經過非退化的線性替換，新二次型的矩陣與原二次型的矩陣是契約的。一般定義 定義1.1...
- 機器學習中的數學
第 1 部分包括向量、向量的點積與叉積、行列式、代數餘子式、矩陣、矩陣和方程組、矩陣的秩、逆矩陣、高斯—諾爾當消元法、消元矩陣與置換矩陣、矩陣的LU分解、歐幾里得距離、曼哈頓距離、切比雪夫距離、夾角餘弦等；第2部分包括導數、微分、不定積分、定積分、弧長、偏導、多重積分、參數方程、極坐標系、柱坐標系...
- biopython
代碼以處理比對，包括標準方法和處理替換矩陣 代碼以輕易分解平行任務為分離的過程 GUI程式以進行基礎的序列操作，翻譯，BLAST等 使用模組的擴展文檔和幫助，包括這個檔案，線上wiki文檔和網站以及mail列表和其他語言進行整合，包括Bioperl和Biojava計畫, 使用BioCorba接口標準。我們希望這給了你足夠的原因下載和開始使用...
- 生物信息學導論——面向高性能計算的算法與套用
3.16 胺基酸替換矩陣... 99 3.16.1 PAM 胺基酸替換矩陣... 99 3.16.2 BLOSUM 胺基酸替換矩陣... 101 3.17 小結... 102 第4 章序列比對的並行計算103 4.1 並行編程模型... 103 4.1.1 並行計算的粒度...
- 契約變換
契約變換（congruent transformation）是指在平面到自身的一一變換下，任意線段的長和它的像的長總相等，這種變換也叫做全等變換，或稱契約變換。契約變換也是高等代數矩陣理論中基本的交換。簡介 契約變換，亦稱全等變換或正交變換，是歐氏幾何中的一類重要變換，即使圖形變為其全等圖形的變換。如果歐氏平面（平面幾何）或...
- 線性代數第4版
面貌空間習題44*45Jordan標準形介紹451Jordan矩陣452Jordan標準形定理453Jordan標準形的求法歷史尋根：矩陣論總習題四第5章二次型51二次型及其矩陣表示511基本概念512線性替換513矩陣的契約歷史尋根：二次型習題5152化二次型為標準形521正交替換法522配...
- 慣性指數
據此可以得出：契約關係將所有的實對稱矩陣分為n+1個等價類。詳細介紹 實二次型的規範形(normal form ofreal quadratic form)任意一個實係數的二次型f(x1，x2：，…，xn)總可以經過實係數的非退化線性替換X=CY化為平方和 的形式，稱作實二次型f(x1，x2，…,xn)的規範形，其中平方項的個數r等於二次型...
- 四方密碼
四方密碼是一種對稱式加密法，由法國人Felix Delastelle（1840年–1902年）發明。 這種方法將字母兩個一組，然後採用多字母替換密碼。介紹 四方密碼是一種對稱式加密法，由法國人Felix Delastelle（1840年–1902年）發明。這種方法將字母兩個一組，然後採用多字母替換密碼。四方密碼用4個5×5的矩陣來加密。每個矩陣...
- 希爾密碼
希爾密碼（Hill Cipher）是運用基本矩陣論原理的替換密碼，由Lester S. Hill在1929年發明。每個字母當作26進制數字：A=0, B=1, C=2... 一串字母當成n維向量，跟一個n×n的矩陣相乘，再將得出的結果MOD26。簡介 希爾密碼是運用基本矩陣論原理的替換密碼，由Lester S. Hill在1929年發明。每個字母當作26進制數字...
- Schematic 正交表的構造
《Schematic 正交表的構造》是依託河南師範大學，由龐善起擔任項目負責人的面上項目。項目摘要 我們過去提出了許多新的正交表的構造方法如正交表的二因子、三因子、替換、並列等方法，構造了大量的新的正交表，將這些方法用於構造Schematic 正交表，可以使所構造的表的列數大大增加。通過矩陣的拉長，推廣差集矩陣、...
- 正慣性指數
定理1 兩個二次型可以用可逆線性變數替換互相轉化的充分必要條件為它們的正，負慣性指數都相等．(即兩個實對稱矩陣契約的充分必要條件為它們的正，負慣性指數都相等．)定理2 實對稱矩陣 A 的正(負)慣性指數就是它的正(負)特徵值的個數．推論 兩個實對稱矩陣契約的充分必要條件是它們的正(負)特徵值的個數都...
- 序列比對
在進行序列兩兩比對時，有兩方面問題直接影響相似性分值：取代矩陣和空位罰分。取代矩陣 粗糙的比對方法僅僅用相同/不同來描述兩個殘基的關係，顯然這種方法無法描述殘基取代對結構和功能的不同影響效果，纈氨酸對異亮氨酸的取代與谷氨酸對異亮氨酸的取代應該給予不同的打分。因此如果用一個取代矩陣來描述胺基酸殘基兩兩...
- 機率自動機
替換這些矩陣，以便通過下式給出轉換的機率：當然，從某個州到任何州的狀態變化必須以機率1發生，因此必須具有 對於所有輸入字母 和內部狀態 。機率自動機的初始狀態由行向量v給出，其組件加到1：轉移矩陣作用於右側，因此在消耗輸入字元串a b c之後機率自動機的狀態將是 特別地，機率自動機的狀態總是隨機向量，...
- polyvalm
A為指定矩陣。調用格式 polyvalm（a，A），其中a為多項式行向量表示，A為指定矩陣。舉例 a=[1 2 3]; %多項式為x^2+2*x+3 A=[1 2;3 4]; %定義一個二維矩陣 polyvalm（a，A） %求結果 ans = 12 14 21 33 其實相當於把A這個二維矩陣直接替換變數x，即求 A^2+2*A+3*E 這個矩陣多項式。
- Kronecher模型
的矩陣，最後生成的網路也會具有很好的可變性。為了使模型能夠更好地模擬真實世界網路，作者提出了Kronecker圖模型的改進模型，即隨機Kronecker圖模型。在該模型中 鄰接矩陣中的元素被替換為機率值，這為Kronecker圖模型帶來了更大的靈活性，使其不僅能夠通過改變參數生成具有一定特性的網路，還可以通過參數估計來模擬真實...
- 線性代數(2010年科學出版社出版段復建編著的圖書)
5.1.2 線性替換與矩陣的契約 習題 5.2 化二次型為標準形 5.2.1 配方法化二次型為標準形 5.2.2 正交線性替換法化二次型為標準形 習題 5.3 正定二次型 習題 總習題 第6章 MATLAB數學實驗 6.1 矩陣的輸入與特殊矩陣的生成 6.1.1 矩陣的輸入 6.1.2 矩陣的結構操作 6.1.3 特殊矩陣的...
- 三分密碼
這種方法將字母兩個一組，然後採用多字母替換密碼。四方密碼用4個5×5的矩陣來加密。每個矩陣都有25個字母（通常會取消Q或將I,J視作同一樣，或改進為6×6的矩陣，加入10個數字）。首先選擇兩個英文字作密匙，例如example和keyword。對於每一個密匙，將重複出現的字母去除，即example要轉成exampl，然後將每個...
- 線性代數--理工類數學基礎
4.3.2 正交向量組與正交矩陣 4.3.3 施密特(Schmidt)正交化方法 4.4 實對稱矩陣的對角化 4.4.1 實對稱矩陣特徵值的性質 4.4.2 實對稱矩陣的對角化 習題四 第4章自測題 第5章 二次型 5.1 二次型的基本概念 5.1.1 二次型及其矩陣 5.1.2 線性替換 5.2 次型的標準形與規範形 5.2.1 二次...
