biopython

Biopython計畫是一個使用python來開發計算分子生物學工具的國際社團。

基本介紹

• 中文名：計算分子生物學工具的國際社團
• 外文名：biopython
• 功能1：將生物檔案分析成可利用的結構
• 功能2：處理線上生物信息學資料庫代碼

內容簡介

該網址提供一個線上的基於python的生命科學研究的模組，腳本和網路連結。基本來說，我們喜歡使用python來編程，並且希望對生物信息學來說儘量容易的使用python創建高質量，可重用的模組和腳本。

主要功能

1，將生物信息學檔案分析成python可利用的數據結構, 包括以下支持的格式：

Blast輸出 – standalone和網路blast

Clustalw

FASTA

GenBank

PubMed和Medline

Expasy檔案, 例如 Enzyme, Prodoc和Prosite

SCOP, 包括‘dom’和‘lin’檔案

UniGene

SwissProt

被支持格式的檔案可以通過記錄來重複或者通過字典界面來索引。

2，處理常用的線上生物信息學資料庫代碼：

NCBI – Blast, Entrez和PubMed服務

Expasy – Prodoc和Prosite條目

3，常用生物信息程式的界面，例如：

Standalone Blast from NCBI

Clustalw 比對程式

一個標準序列類處理序列、ID和序列特徵

對序列處理的常規操作，例如翻譯，轉錄和重量計算。

代碼以處理使用k最近鄰接，Bayes或SVM進行分類

代碼以處理比對，包括標準方法和處理替換矩陣

代碼以輕易分解平行任務為分離的過程

GUI程式以進行基礎的序列操作，翻譯，BLAST等

使用模組的擴展文檔和幫助，包括這個檔案，線上wiki文檔和網站以及mail列表和其他語言進行整合，包括Bioperl和Biojava計畫, 使用BioCorba接口標準。我們希望這給了你足夠的原因下載和開始使用Biopython!