司馬曜四歲時被封為
會稽王,372年晉簡文帝駕崩前夕被立為
皇太子並繼承皇位,時年十一歲。最初由大司馬
桓溫輔政,373年桓溫死,又由從嫂崇德太后
褚蒜子臨朝聽政。376年太后歸政,實權由
謝安為代表的
陳郡謝氏掌握。383年在謝安等的輔佐下,擊敗
前秦大軍,贏得
淝水之戰的勝利,保全了東晉王朝的國運。
司馬曜利用士族門閥人才斷層的空檔期,致力於衝破
門閥政治的格局,恢復司馬氏皇權,遂以其弟
司馬道子代替謝安執政,並成為東晉開國江左以來最有權力的君主。但他耽於享樂,沉湎酒色,又與司馬道子爭權,形成“主相相持”的局面,造成朝政日趨昏暗。後因司馬曜與寵姬
張貴人酒後戲言,導致張貴人一怒之下殺了他,享年三十五歲。死後
廟號烈宗,
諡號孝武皇帝,葬於
隆平陵。