日本農林中央金庫是根據日本農林金庫法成立的、以有限責任公司為組織形式的特殊法人機構。它作為農林漁系統組合(合作) 金融機構的最高級機構，在組合金融中起著中樞的作用。其資本金1985年末為450億日元，由農林中央金庫法規定的民間農林漁業團體出資構成。
農林中央金庫的業務有固有業務和受託業務兩大類。固有業務有存款、貸款、匯兌和發行農林債券等。農林中央金庫通過這些業務進行系統內部的地區間資本調整。在這個過程中，農林中央金庫是拆借、票據買賣市場等短期金融市場的大宗交易者。農林中央金庫的存款吸收對象僅限於農林中央金庫法規定的出資團體、局外貸款對象 (限於定期存款以外的存款)、農業債券的應募者、公共團體及該團體的非營利法人和經主管大臣認可的金融機構。存款的近90%來源於出資團體，其大部分是農林系統團體的存款，且大多為定期存款。除對信用農業協同組合聯合會採用比普通存款高的利率外，還設有系統用的獎勵金。1969年9月以後，農林中央金庫採用了存款準備金制度。作為籌資手段，農林中央金庫發行的農債券有5年期的附利債券和1年期的貼現債券，一般為無記名式，發行限度不超過繳納資本和屬於出資者科目準備金合計數的30倍。農林中央金庫的貸款原則上以出資團體為對象，但作為餘裕資本的運用，在不妨礙貸款業務範圍的前提下也可對以下出資團體以外的成員貸款：①具有出資資格的團體中的非出資者; ②農林水產業者; ③福利設施法人 (經營對農林系統有益事業的法人); ④與農林水產有關的事業法人; ⑤作為地方公共團體主要成員的農漁林法人; ⑥被認為有利於經濟社會的發展而適合貸款的法人; ⑦金融機構。此外農林中央金庫還將餘裕資本用於有價證券、短期拆放、購入票據等。農林中央金庫的匯兌業務已形成了以在線上系統為基礎的全國匯兌通訊網，並加入全國銀行信息通訊體系，1981年開辦外匯業務，並在國外設有分支機構。此外，在主管大臣認可的情況下，農林中央金庫還可代理國家、團體、金融機構的部分業務。
